Gene detail

Detail information of Am09G019180.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am09G019180.1	Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am09G019180.1	mRNA	Chr09	67829261	67841583	+

Sequences

CDS:

>Am09G019180.1
ATGGCAGTTTCCGAAGAAGAATGCTCTTCTACGAAACCAGGTCCCTCTTCTACCTCCTCCTCCACCTCGCGCTATTTCCTCTCCAAGTGCGTCCTCAGAGGAAGCGTCGTTCTTCAGGTCCTCTACGCTCATATCCGTTCTCCTTCATCAAACGACATCGTTTTCGGCAAGGAGACATCCATAGAGTTGGTTGTAATTGATGAGGATGGGAATGTACAATCTGTTTGCGATCAGCCTGTTTTTGGCACCATTAAAGATCTTGCTATATTGCCATGGAATGAGAGATTTCGTGCCCGTGATCCACAGATGTGGGGTAAAGACCTCTTGGTTGCTATATCTGATTCTGGAAAGCTGTCAGTGCTCACATTTAGCAATGAAATGAACAGGTTTTTTCCTATAACACATGTTCAGCTATCTAATCCTGGAAACACAAGGGATCTTCCGGGAAGAATGCTAGCAATTGATTCAAGTGGTTGTTTTATTGCTGCCAGTGCATATGAAGATCGAGTGGCACTGTTTTCTATGTCAATGACTGGCAATGATATCATTGATGAGAGATTGATATATCCTTCTGAAAGTGAAGGGGCTGCAAGTACCTCCAGAAGCTTGCAAAAATCCAGTATACGTGGCACCATTTGGAGCATGTGCTTTATTTCACTAAATTCCAGACAACCAAGCAAAGAGAATAATCCTGTATTAGCTATTATTCTAAATAGGAGGGGAGCACTTCTAAATGAATTGCTATTATTGGAATGGAATGTTAAATCACAGACAATATTTGTTATTTCTCAGTATGTTGAAGCTGGGCCTTTGGCGCATAACATTGTTGAAGTTCCTAACTCTCAGGGACTTGCATTTCTATTCAGAGCTGGCGATGTTCTCTTGATGGATTTTAGAGATCCTCGCAATCCATTGTGTGTCCACAGGACTAGCTTGGACTTTTTATCAAATGCCATGGAAGAACAGACTTACGTGGAAGACTCTTGTAAATTACAGGATCTTGATGATGAACGTTTTAGTGCTGCTGCATGTGCTTTGCTACAGCTGGGTGATTATGATCCTATGTGCGTAGACAGTGACAATGGTAGTACTAATTCAGGTCACAAGTACATATGCTCTTGGAGTTGGGAACCTGAAAAAAATAATGTTCCTAGGATGATCTTTTGTGTAGATACTGGAGAATTTTTTATGGCTGATGTTTTTTTCGATTCTGATGACCCTAAGGTTAGTCTTTCTGAGTGTCTCTATAAAGGTCCACCTTGTAAAGAACTTTTGTGGGTTAAAGGTGAATATCTAGCCGCAATTGTTGAAATGGGGGATGGTATTGTCCTGAAATTGAAAGATGGAAGACTATGCTTTACAAACCCTATCCAAAACATTGCACCGATATTAGATATGGCAGTTGGGAATTATCATGATGAGAAGCTTGACCAAATGTTTGCTTGTTGTGGTGTGGCACCAGAGGGGTCATTAAGGATTATTCAAAGTGGTATCAATGTAGAAAAGCTACTCAAGACTGCCTCTATATATGAAGGGGTAGCCGGTACTTGGACTATCCGAATGAAAGTTACTGATTCATATCATTCTTTTCTTGTTCTATCATTTCTTGGAGAGACCAGAATATTGTCGGTTGGATTAAGTTTTACTGATGTGACGGATTCAGTTGGTTTCCAACCTAATGTCTGTACTTTGGCATGTGGCCTTGTAAGTGATGCTTTACTTGTTCAGATCTACCAATCTACTGTTAAGCTTTGTTTGCCTACTAAAGCTGCTCATTCTGAAGGTATCCCTTTGTCATCTCCCATTTGCACATCTTGGTCCCCAAACAATCTAAATATCAGTTTGGGGGCAGTTGGGCATAATTTCATTGTTGTGTCAACCTCTAACCCATGCTTTTTGATTATCCTTGGGGTTAGATTGCTATCGGCCTATCAATATGAAATTTATGAAATGCACCATTTGGGATTGCAGAATGAATTGTCATGCATTTCCATCCCTGGACAAAGAATAGGGATGAAACAATCAAATTCATCCATTTCAGAAAATAATAGATGCATCGCTTCTTTTCCAAGTGGAGTGGACACCGATAAAACCTTTGTTATTGGCACACATAGGCCTTCTGTGGAAATTTGGTCTTTTGCTCCAGATGGAGTTACAGTAGTTGCTTGCGGGACAATTTCATTATCAAGTACAATAGGGACTGCTAAAAGTTTTTGTATACCTCAAGATGTACGGCTTGTATTTGTTGATAAGTATTATGTTCTTGCTGGATTGAGGAACGGAATGCTCCTTCGCTTTGAGTGGCCAGCAGAATCGTCTCATTCATCACCAATAAATGTGGTGGACACTGCTCTATCTTCTATTAATTTGGTAAATTCTATGACTAAGGCTTTCGACAAGAGAAATAACCTTCCTTCCATGCTTCAATTGATCGCCATTCGTCGCATTGGCATTACTCCAGTTTTCTTGGTGCCCCTGGAGGACACACTTGATGCTGATTTGATTGCACTGAGCGACAGGGCTTGGTTGTTGCATAGTGCAAGACACAGCCTTTCCTATACTTCTATCTCATTTCAACCGTCCTCACATGTAACTCCTGTTTGCTCTGTTGAGTGTCCAAAAGGAATATTATTTGTTGCAGAAAACAGTTTACATCTGGTGGAGATGGTCCATAGCAAGAGACTTAATATGCGAAAGTTTCATTTAGAGGGTACTCCACGGAAGGTCCTTTATCACAATGAAAGTCGGATGTTGCTTGTGATGAGGACTGATCTAAATTACGGTACATGTTTGTCTGACATATGTTGTGTGGATCCCCTAAGCGGGTTAGTACTGTCATCTTTTAGACTTGAAGTTGGAGAAACTGGAAGATCCATGGAATTAGTAAGGTTTGGAAGTGAGCAAGTGCTTGTGGTTGGAACCAGTCTGACTTTTGGTCCAGGCGTAATGCCGAGTGGTGAAGCTGAGAGTGCCAAGGGTCGTCTTCTTGTTCTCTGCCTTGATCACGTGCTAAATTCAGATAGTGGTTCAGTGACATTCTGTTCGAAGGCAGGGGCATCATCTCAAAAAAGTTCACCTTTCCATGAAATTGTTGCGTATGCTCCTGAACAGCTATCAAGCAGCAGCCCTGGCAGTAGCCCTGATGATAATAGTTTTGATGGCATCAAACTTGATGAAAATGAAATGTGGCAGTTCCGTTTGTCTTATGCAACTACATGGCAGGGAATGGTACTTGCTATCTGTCCTTACCTTGATCGATACTTCTTGGCATCTGCTGGCAATTCTTTCTTTGTCTGTGGTTTCCCAAATGACACTCCTCGGAAAGTGAAACGGTATGCTATGGGAAGGACACGCTACATAATAAGATCTTTGACTGCACATTTTACTAGAATTGCAGTTGGTGATGGTCGTGATGGTATCATTTTCTTTTCTTACCATGAGGAAGCAAAAAAATTGGAGCAACTTTACGGTGACCCATCACAGAGGTTAGTTGCTGATTGCGTTCTCATGGATGATAATACAGCTGTTGTTTCAGATCGTAAAGGAAGCATAACTGTTTTATGTTCAGATCATTTGGAAGACAATGCAAGTCCAGAATGCAATTTGAGACTAAGCTGTGCTTATTTCATGGCTGAGGTAGCTATGAGCATCCGGAAGGGTTCATATTCATACAGGCTTCCAGCTGATGATGTTTTTCCAGGTGGCATTGGCCCCAAGACAAATGTTGACTCACTAGAACATACTATTATTGCTAGTACTCTGTTAGGAAGCATAATGATCTTCATTCCTTTGTCAAGGGAAGAATATGAGCTCTTAGAAGCTGTGCAAGCAAGACTTGTTGTCCACCATTTGACTGCGCCTGTTCTTGGAAATGATCACAATGAGTTCCGGACCCGTGAAAATCCAGTTGGAGTACCCAAGATACTTGATGGGGACATGTTGACTCAGTTTCTGGAGCTAACAAGTATGCAGCAACATACCATTTTGTCTTCGGAGCCACCCGAGATGGTAAAACAAAGTTTGAAGCCACTCCTACCCCAATTTTCGGTGAATCAAGTGGTTCATCTTCTTGAGCGAGTTCATTATGCACTGAACTAA

Protein:

>Am09G019180.1
MAVSEEECSSTKPGPSSTSSSTSRYFLSKCVLRGSVVLQVLYAHIRSPSSNDIVFGKETSIELVVIDEDGNVQSVCDQPVFGTIKDLAILPWNERFRARDPQMWGKDLLVAISDSGKLSVLTFSNEMNRFFPITHVQLSNPGNTRDLPGRMLAIDSSGCFIAASAYEDRVALFSMSMTGNDIIDERLIYPSESEGAASTSRSLQKSSIRGTIWSMCFISLNSRQPSKENNPVLAIILNRRGALLNELLLLEWNVKSQTIFVISQYVEAGPLAHNIVEVPNSQGLAFLFRAGDVLLMDFRDPRNPLCVHRTSLDFLSNAMEEQTYVEDSCKLQDLDDERFSAAACALLQLGDYDPMCVDSDNGSTNSGHKYICSWSWEPEKNNVPRMIFCVDTGEFFMADVFFDSDDPKVSLSECLYKGPPCKELLWVKGEYLAAIVEMGDGIVLKLKDGRLCFTNPIQNIAPILDMAVGNYHDEKLDQMFACCGVAPEGSLRIIQSGINVEKLLKTASIYEGVAGTWTIRMKVTDSYHSFLVLSFLGETRILSVGLSFTDVTDSVGFQPNVCTLACGLVSDALLVQIYQSTVKLCLPTKAAHSEGIPLSSPICTSWSPNNLNISLGAVGHNFIVVSTSNPCFLIILGVRLLSAYQYEIYEMHHLGLQNELSCISIPGQRIGMKQSNSSISENNRCIASFPSGVDTDKTFVIGTHRPSVEIWSFAPDGVTVVACGTISLSSTIGTAKSFCIPQDVRLVFVDKYYVLAGLRNGMLLRFEWPAESSHSSPINVVDTALSSINLVNSMTKAFDKRNNLPSMLQLIAIRRIGITPVFLVPLEDTLDADLIALSDRAWLLHSARHSLSYTSISFQPSSHVTPVCSVECPKGILFVAENSLHLVEMVHSKRLNMRKFHLEGTPRKVLYHNESRMLLVMRTDLNYGTCLSDICCVDPLSGLVLSSFRLEVGETGRSMELVRFGSEQVLVVGTSLTFGPGVMPSGEAESAKGRLLVLCLDHVLNSDSGSVTFCSKAGASSQKSSPFHEIVAYAPEQLSSSSPGSSPDDNSFDGIKLDENEMWQFRLSYATTWQGMVLAICPYLDRYFLASAGNSFFVCGFPNDTPRKVKRYAMGRTRYIIRSLTAHFTRIAVGDGRDGIIFFSYHEEAKKLEQLYGDPSQRLVADCVLMDDNTAVVSDRKGSITVLCSDHLEDNASPECNLRLSCAYFMAEVAMSIRKGSYSYRLPADDVFPGGIGPKTNVDSLEHTIIASTLLGSIMIFIPLSREEYELLEAVQARLVVHHLTAPVLGNDHNEFRTRENPVGVPKILDGDMLTQFLELTSMQQHTILSSEPPEMVKQSLKPLLPQFSVNQVVHLLERVHYALN*

Promoter(3k):

>AM09G019180.1
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Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF10433.12	MMS1_N	107	665	1.90E-92
PF03178.18	CPSF_A	934	1319	1.20E-35

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	DDB1
Ubiquitin Family	DDB1

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0005686	U2 snRNP	Cellular Component
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	Biological Process
GO:0003712	transcription coregulator activity	Molecular Function
GO:0016592	mediator complex	Cellular Component
GO:0006357	regulation of transcription by RNA polymerase II	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR015943	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
IPR018846	Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal
IPR004871	Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2XTG7	_

SwissProt

SwissProt term	Description
SF3B3_DANRE	Splicing factor 3B subunit 3

KEGG

KO	Description	Enzyme
K12830	splicing factor 3B subunit 3

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT3G11960	Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein
Medicago sativa L.	MsG0280007562.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os07g10390.1	cleavage and polyadenylation specificity factor, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa002586	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000006s00001613.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr04_48770T	_
Arachis hypogaea L.	AH06G03330.1	Splicing factor 3B subunit 3 like

Expression pattern