Gene detail

Detail information of Am06G000860.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am06G000860.1	cell division cycle 48C

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am06G000860.1	mRNA	Chr06	1925197	1931730	-

Sequences

CDS:

>Am06G000860.1
ATGAGATTGAAGAACATGGGAAGAAGAAGAAACGGTGGTGGAGGTGGCGGAGAACGGTCACTCCAACTAACCCTTCGCCGTCAAGTTGAGCTCTGCAAATCAAGATACTCGACCGCTGAAGAAATCGTCCACCATCTCCGTTCAAATTACCCTGGTTACCAACGAACCAAGTACCAAACTCTCATTCGTCTCGTTCACGAGGCTCTTGTATCCACCACTCCCACTCCCTCACGGAACAATGACAACGAAGACGAAGACGAGGACGAAGACGAGGTTCGTCGAACTGCTTCTCGAAAGAAACGTAAGAACGCTGATGAAGCTGAAGCGAGATTACAAAACATTGAAGCTTTACACATCAATAATAGGAGGATGATCATGCAGGACCTATCAACCTCCTCAGATACTGCTTCTGCTTCCGAGAGTGGCGGAAGCGACGATGGGGCAACGTCGACATCGGTGACCTCAGACGACGCGGTTTATGGAGAGAAATTGGAACCCGCTTTTGACTTGATGAAGACCATGCTGCGGAATTCATACACCGGAACGAAAGCTGCGCTGGCGGCAGAGGAAAAGAACGTGGAATTGGAGACTGGAAACACCGATAAAGCTACTATTACTGTCAATGTGGATGGCGGTGAAGCCAAGTCGGCGACAGCTAGGAAACAATTGAAGGGTTCAGCTACATCTAACCGCGGTGGCGGAAGTGGCGGTGGTGATGTTATGGTGAAGGGAAAGGGAGGACCAAGGTTTAAGGATTTGGGTGGGATGAAGGAGCTTTTAGAGGAATTGATGATGGAAGTGATTGTGCCATTGTGCAATCCCCAATTGCCCAGACATTTAGGAGTGAGGCCTATAACTGGGATTTTGTTGCATGGGCCACCTGGTTGTGGGAAAACTAGACTTGCTCATGCTATAGCTAATGAGACTGGTCTTCCTTTTCATTATATTTCTGCTACTGAGGTTGTTTCTGGAGTTTCAGGTGCATCCGAGGAAAATATTAGAGATCATTTCTCTAAAGCAAAAAGCAATGCTCCGTCAATTGTTTTTATTGATGAGATTGATGCAATTGCTTCAAAGAGAGAGAATTTACAGCGTGAGATGGAGAAACGAATTGTAACACAGTTATTGACTTGTATGGATCAATCGGATGAGTTTCTGCAACCGGATGATGATTCAAGGAGTTCTGAAAAACCTCGTGGATATGTTCTTGTAATTGGAGCCACAAATAGGCCCGATGCAATTGACCCTGCTCTTAGAAGGCCTGGTCGGTTTGATCGGGAGTTTTTTGTTGGCATTCCGGATGAATCTGCTAGGGTGGAGATCCTTTCAGTGCTTACTCGCAATCTCAGGCTTGATGGTTCGTTTGATCTGCAAAAAATAGCCAGGTCTACACCAGGATTTGTTGGTGCTGATTTGACAGCTCTAGCGAACAAGGCTGGTAATTTGGCAATGAAGAGAATAATGGATGAAAGGAAACATAAATTATCTCAAGATCCCATAAGTGAGTGTACAGAAAACTGGTTTCGCCAACCGTGGTTGCCTGAAGAGATACATGAGCTTGCCATCAAAATGTGTGATTTTGAGGAAGCAGCAAAGATGGTGCAACCTTCATCAAAAAGAGAAGGGTTCTCTTCCATTCCTAATGTTAAATGGGAAGATGTTGGTGGGCTTGATATTTTAAGAGAGGAGTTTAATCGCTATATTGTAAGGCGTATAAAACATCCCGAGGATTATGAGGGACTTGGGATGGATCTTGAGACAGGATTTTTGCTTTATGGGCCTCCAGGTTGTGGTAAAACACTGATTGCCAAAGCTGTTGCCAATGAGGCAGGAGCTAATTTCATTCATATTAAGGGACCTGAGCTTCTAAATAAATATGTTGGAGAAAGTGAGCTTTCGGTTCGGACATTATTTAGTCGGGCAAGGACATGTGCGCCTTGTGTACTATTTTTTGATGAGGTGGATGCTTTGACAACCAAACGTGGTAAAGAAGGTGGATGGGTTATTGAAAGACTATTGAACCAGTTGCTTATTGAGTTAGATGGCGCAGAGCAGCGGAGAGGTGTTTTTGTGATTGGTGCAACAAATAGGCCTGAGGTGATCGACCGTGCTATTTTACGGCCTGGTAGGCTTGGTAAACTTCTTTATGTACCTCTGCCAACCCCAGAGAACCGTGTTATGATATTGAAAGCTCTTGCAAGGAAGAAACCTGTTGATGCCAGTGTGGATTTGAGCACTATTGGAAGAATGAAAGCTTGTGAAAACCTTAGTGGTGCTGATCTTGCTGCATTGATGAATGAAGCAGCGATGGCTGCTCTCGACGATAAGTTGGCCTCAACTGAGACAACTGGTGATACACCGATCATCAAGACAAGTCATTTTGAGATAGCGCTAAGTAAAGTCTCCCCCTCTGTGTCAGACATGGTATGGTTCATTCTGCCAAATCTCTCCCTCACTTGA

Protein:

Promoter(3k):

>AM06G000860.1
AATTTTTGTAATGTTTGATTCAAATTCATGGATAGATCATTGTACTTTCGTGATCTATGAAAGTAGAATCACATCAATTTGTAACATTAAAAACAACAATGTTACATAACTAAACCGCATTTTAAAGGTCCATAATTAAAATTTACTTTGGGTCATGGTTGTTAAACTCTCGATCAACTCTTACGAGTTTACGAGTCTAGATCACATAAACGAGTCAACTAGCAGTTAAACTCTCTTTTTCGTAAACTCGTACGAGTTAAAGTAAACTCTGATAGAATCGGTAAACTCTCGATTGTACTGCGAGTTTACGAGTCTACAATTTTACATTTGATTAGGCCTTAAATGTAATTATTGGTCAATATTGGTAGCTACTTAGGTTGAATTACCTATTTTCTATAGTATATATTGGATTTATAAACTTACTTTTACATTTTCAATAATATTATTATTTTGTTTTATTCTACTACCAAATAAAGTATTTAACTAAACATTATGAGTGTTTGGTCAAATTATCTCTTATTTTTTGAATTTTTTCATTTTAAGAACTTGTGTTTTTATGAATTTATGTATGATTTAGTCTAGTAATAATTCACTAACACACTTTAAAATCATGGTTTGCTACTTTGCTTTGTTGTGGAGTTGAAATGTTGAATTATTGTTGTGCTAACCTATATATTATATCATGTATGACATTTATAAGTTTCTTTGATAGTAGGTGGACTGTTACGAGTTTACGAGTCGAATCTACCTATGCTACACGAGTTTACGTAGACTCTCGAGTTTGACAACCTTATTTTGGGTATTTTATTCGTTTACGTGCTTTGTGTTTTTTTAATTTTTTATCTTTTAAACTGTTTATTTACACCATTTATCTTTTTATAGTTAATTAAAATGGTCATTCCGTTAAGTGTACTCTTAATTATGAATTAGATGGATTGTTGGTCATATAAGCATGCTGATTGTGTCATTATAAAAATGATAATTTACAAATATTTTGTTTCGCTAATATATAAATTGAAAAATAGTAATCTTTGCGTTTCAAAATTTATCACACCTCTTCGGAGCCCCAACAATTTATCACAACAATAATCTACGCGCTTCAAAATTCCGAAGGAGGTCGAAGCTATAAGGAAGAGCTAGCTTCCTATGAGTATTGATTGCTAAATGATGGCGGGGTGGAACAAGGTTTGCAGTGGAAGTAGGTGGTTAGGATTCAGATCTTGGTAACAATTCTGCTCTAGATTTGTTAAAAGAGGATAATGTTTGCAGTAAAGATAAAACAAGGGAAGAAGAAGTTAGCCGCAAGTTGCAAAAAATACCAAGGTAATCAAAACCGGACCGGACATTGAACCGGAAGAGGTGGCGGTTCAGGGGTTCTTGGGTTCAACCGGTTGAACCGGGGGTTCAACCGGAATTAATTAAATATATTATTTAATATTTTTATTACAATATATAAAGGATAAAAAACCATAATACCCAAAATTTCACACCACAAACAATTAAATTATGCTTAACTTAAGCTCAACAATATAATATCCAAGTCATTAGTTAAAGTTACACATAAAATTGGTAGGTATAAAAAAACTCAAAGTTTGACATGTTTAAAATATATATATTTTAATGCATTATTTAGAAAGAATCTAATGTCGCTTTATTTAGAAAAGATCACATCATGTAAGAAAATTGCAAACAATGAAGCTAATGTTGTTGAAAGGTGAATATCTAGTCCCACATCGGATGGCAAATAAGAAGAATGAGCTGTGTTTCTCTATAAATAGAGCTAGAGTGTGCACAGCAAAATATAAGTGAGATTCTTGGCTTTCATAATATATAAAATATATAAATAGAGCTCTGACACTCATTTTGTTTTGCAAAAAATAGTTTAAATTTTTTTATTTCAGTTAAAAAAAATAAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAGTCATTTCTCAGAACCGGTTTCTGGCCGGTTCTTGACCGGTTCTTGACCGGTTCTGGCCGGTTTTGCCGGTTCTTGACCGGTTTTCCGGTTTTTGACCCGGTTCTTTGGCCATCCGGTTCTGGGGTCTAACTGGACCGGACAGGGGTCCGGTTCCCGGTTCAACCGGTCGAACCGGCCGGTCCGGTCCGGTTTTGATTACCTTGAAAAATACATGGCGTTGGTCATCAAACTCACACGACTTTTGAAAACGACAAAAATACGCCTAGATCCCCACTCCTAGGATTAGCGTCAAGGGATGGCAACCGATGTTATTCCCCTAATGCTAAACCACGATATTTTTGTAATGATTTTTTTTTTTAAAATTTTTAGAAGTCCTGATAAATCAATCCAATTAAACATGCCTAATTTGAATTTAATTTTATCTTAATGTTCAAATTTCAAATAAACCAACACATGTAATTATGTAAATCGTGTCGGGGCTTACAAAGAAGGGAACATTGCCTCCCAAAAGAAAGAATGTCAAATTAGATGACTCAACACATAAGATAGTGCACATTATGTCTCTTATTATATTGTTTGGTTATGTCCAAAAAATAATAATAAAGGATGACAAAGATGAAGGAGTTCAATGCCATATGTAGTAAACATAATGATAAAAGGTTTACCTTAAAAAAAGGTAAGGACAAAATGATGAAATATTTGAAATTGCTAACATATTTTGTATCGTAAGTCGTAAGGCTTATCACAATTGACAAATTGACGTTGCTAAGTTGGATACTTTTCATGGTCAAATGTGTTCAAATCTACGATCTCCACCTTGCATGTGTGAATTTACAGATAGTGTTTATTACTCTGTTTGCAGACAAAAATAGCTGGGATAATAAAAACTAGGGGTGTTTTTATCATTTCTCTTGAATATTGTGGGGGTGTTTTGTATCCAAAAGAGTGGGTGTATCTAACAGTTTCCCCGATGTAAAGAGAGGCCCAAACCCTAATACTAAACATGGGTCCTAAATCGTAAATCCCAATTTTGACGACTTTCGACAGTGTTTGTCTTA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF00004.32	AAA	288	431	3.20E-86
PF00004.32	AAA	590	718	3.20E-86
PF17862.4	AAA_lid_3	455	490	2.40E-21
PF17862.4	AAA_lid_3	741	779	2.40E-21
PF05496.15	RuvB_N	286	368	1.00E-13
PF07728.17	AAA_5	288	420	8.10E-12
PF07724.17	AAA_2	283	381	6.40E-11

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0051301	cell division	Biological Process
GO:0006508	proteolysis	Biological Process
GO:0005524	ATP binding	Molecular Function
GO:0003723	RNA binding	Molecular Function
GO:0008237	metallopeptidase activity	Molecular Function

InterPro

InterPro term	Description
IPR027417	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
IPR003959	ATPase, AAA-type, core
IPR003960	ATPase, AAA-type, conserved site
IPR003593	AAA+ ATPase domain
IPR041569	AAA ATPase, AAA+ lid domain

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2X9B6	_

SwissProt

SwissProt term	Description
CD48C_ARATH	Cell division control protein 48 homolog C

KEGG

KO	Description	Enzyme
K14571	ribosome biogenesis ATPase

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT3G01610	cell division cycle 48C
Medicago sativa L.	MsG0380012461.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os06g01980.1	AAA family ATPase, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa015994	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur001985s00035996.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr07_29210T	_
Arachis hypogaea L.	AH09G06270.1	Cell division control protein 48 homolog C like

Expression pattern