Gene detail

Detail information of Am05G016500.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am05G016500.1	pumilio 2

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am05G016500.1	mRNA	Chr05	111242480	111249137	-

Sequences

CDS:

>Am05G016500.1
ATGTTGTCTGAGTTGGGAAGAAGACCGATGATTGGCAATAATGAAGGGTGTTTTGGTGATGAATTGGAGATAGGGATGTTGCTTCGTGAGCAACATCGACAAGAAGCTGATGATCGTGAAAGGGAGCTCAATATTTTTAGGAGTGGATCAGCTCCTCCAACTGTGGAGGGTTCTTTGAATGCGGTTGGAGGTTTATATGGTGGTGGTGGTGTTGCTGCTAGTGCTGGCTTTTCAGATTTTCATGGGACTAAAGATGTGAATGGGATAGTTTCTGAGGAAGAGCTTAGGTCTGATCCAGCTTATCTATCATACTACTATTCCAATGTGAATTTGAATCCTAGGCTTCCACCTCCTTTGCTGTCAAAGGAGGATTGGAGGTTTCAACAAAGACTCAAAGGTGGAACATCAGTTTTGGGTGGAATTGGAGATAGGAGGAAATCCAACAGAACTGATGATAATGGTGGTGGTAGATCGTTGTTTTCGACCCCTCCCGGTTTTAACCTTAGGAAACAAGAGGGTGAGGTGGATGGTGAAAAGCCAAGAGGTTCTGATGAATGGGGTGGAGATGGACTGATTGGTTTGCCTGGCCTTGGCCTTAGAACCAAACAAAAGAGCCTTGCAGAAATTTTCCAGGATGATTTGGGGCGTAACACCTCTGTAACAGGCCCACCATCTCGTCCAGCAAGTCGTAATGCATTTGATGAAAATGATGATTTCATAAGTACTGCTGAAGCAGAGTTGGCTCATGCACGCCGTGATCTGACATCTACTGATGCTTTAAGATCAGGATCACATGTTCAAGGATCCTCTGCAACCCAAAATAGTGGCCCAGCATCTACATATTCTTATGCTGCTGTACTAGGATCTTCATTATCAAGAAGCACTACTCCTGATCCACAAATTGTTGCTAGGGCTCCTAGTCCCTGCCTCACACCTATTGGTGGAGGGAGAAATGTTGCTTCTGACAAAAGGGGCATTGTCAGTCCAGATGCATTTAACAGTGTTTCATCTGGCATGAATGAGTCAGCTGATCTTGTGGCTGCACTATCGGGGATAAACTTGTCAGCAGATGATGTGTTAGACGGTGATAACCATTTGCCATCGCAGGTGGAAACGGATGTTAATAATCACCGTAGGTACCTTTTTGGTATGCAAGGTGGTCAAGATCATGGCAAGCAACAAGCATATTTAAAGAAGTCTGAATCAGGTAAGAGCAGTAGGAGTGGGTCAGATCTCAACAATTTCTCCCTGGATAGGCAGGTCGAGCAACAAAAATCTACTGTTCCTTCCAATAACTCGTATTTCAAAGGATCGCCGGCCTCCCATTTTGGTGGAGGAGGTAGTTTGCCAGCTCAGTACCAACCTATGGATGGTATGAATTCATCCTTCGCTAACTACGGCCTAAGTGGGTATGGTGGAAATCCAGCATTGGCATCCTTGATGACTAGCCAATTTGGCACTGGTAATTTGCCAGCAATGGCAGCATCTGCAATGGGAGCCCCTGGAATGGACTCGAGAATTCTTGGAGGTGGTATGGCTTCTGGAGCTGCTTCTCCATCTGATGTGCATGGTCTTGGTCGGATGGGAAATCAAATTGCAGGTGGCAGTGCTCTTCAGGCTCCTTTTGTTGATCCTATGTATCTTCAGTACTTACGGACATCTGAGTACGCTGCAGCACAACTTGCTGCTCTTAATGACCCCTCTGTGGACAGGAACTACTTAGGTAATTCATACATGAATTTACTCGAGCTTCAGAAAGCTTATCTTGGGTCTGTACTCTCACCTCAGAAGTCCCAATACAATGTACCGCTCGGTGGTAAATCTGCCAGCTCCAATCATCATGGTTATTATGGAAATCCTGCATACGGTGTTGGGCTGTCTTATCCAGGAAGTCCAATGGCAAACTCTGCTTTACCGACTTCTCCCGTTGGATCTGGAAGTCCGATTAGGCACAATGAGCTGAATATGCGTTTTGCTTCTGGAATGAGGAATTTAGCTGGGGTCATGGGACCATGGCATGTAGATACTGGGAACATGGATGAGAGCTTTGCTTCTTCTTTGTTGGAAGAGTTTAAAAGCAATAAAACCAAGTGTTTTGAACTCTCTGAAATTTCTGGTCATGTTGTTGAATTCAGTGCGGATCAATATGGGAGCCGATTTATTCAACAGAAGCTTGAAACAGCAACTATAGAAGAAAAAAACATGGTTTATCAGGAAATCATGCCACATGCTCTTGCTTTGATGACTGATGTCTTTGGTAATTATGTGGTTCAAAAGTTTTTTGAGCATGGACTTGCTTCCCAGAGAAGGGAATTAGCCAACAAGCTTCCTGGCCATGTTCTGACACTTAGCCTTCAAATGTATGGTTGCCGGGTTATCCAGAAGGCCATTGAAGTTGTTGATCTGGATCAAAAAATAGAGATGGTTAAAGAGCTTGATGGTAATGTCATGCGCTGTGTACGTGATCAGAATGGAAATCACGTCATTCAGAAATGTATCGAATGTGTTCCTGAAGATGCAATCCATTTTATTGTTTCAACATTTTTCGATCAAGTTGTGACACTCTCAACCCATCCATATGGTTGTCGTGTGATACAGAGAGTACTGGAGCACTGTGAAGACCCTACAACGCAGCAGAAAGTTATGGATGAGATTTTAGGAGCTGTTAGCATGTTAGCTCAGGATCAGTATGGCAATTATGTTGTTCAGCATGTACTGGAACATGGGAAGCCTCACGAGCGTTCTTCTATAATAAAGGAACTAGCAGGCAACATAGTTCTGATGAGTCAACAAAAATTTGCCTCCAATGTTGTGGAGAAATGTCTGTCCTTCGGTGGTCCTGCGGAACGACAATTATTAGTGGATGAGATGCTTGGATCCACAGATGAAAATGAGCCTCTTCAGGCGATGATGAAAGATCAATTTGCAAATTACGTCGTCCAAAAGGTGCTGGAAACTTGTGAGGACCAACAACGAGAGCTGATTCTTTCGCGAATCAAGGTTCATCTGAATGCATTGAAAAAGTACACCTATGGAAAGCATATTGTTGCACGTGTAGAGAAACTTGTTGCTGCTGGAGAAAGAAGAATGGCTGCTCAGTCTCCTCAACCTGCATAG

Protein:

>Am05G016500.1
MLSELGRRPMIGNNEGCFGDELEIGMLLREQHRQEADDRERELNIFRSGSAPPTVEGSLNAVGGLYGGGGVAASAGFSDFHGTKDVNGIVSEEELRSDPAYLSYYYSNVNLNPRLPPPLLSKEDWRFQQRLKGGTSVLGGIGDRRKSNRTDDNGGGRSLFSTPPGFNLRKQEGEVDGEKPRGSDEWGGDGLIGLPGLGLRTKQKSLAEIFQDDLGRNTSVTGPPSRPASRNAFDENDDFISTAEAELAHARRDLTSTDALRSGSHVQGSSATQNSGPASTYSYAAVLGSSLSRSTTPDPQIVARAPSPCLTPIGGGRNVASDKRGIVSPDAFNSVSSGMNESADLVAALSGINLSADDVLDGDNHLPSQVETDVNNHRRYLFGMQGGQDHGKQQAYLKKSESGKSSRSGSDLNNFSLDRQVEQQKSTVPSNNSYFKGSPASHFGGGGSLPAQYQPMDGMNSSFANYGLSGYGGNPALASLMTSQFGTGNLPAMAASAMGAPGMDSRILGGGMASGAASPSDVHGLGRMGNQIAGGSALQAPFVDPMYLQYLRTSEYAAAQLAALNDPSVDRNYLGNSYMNLLELQKAYLGSVLSPQKSQYNVPLGGKSASSNHHGYYGNPAYGVGLSYPGSPMANSALPTSPVGSGSPIRHNELNMRFASGMRNLAGVMGPWHVDTGNMDESFASSLLEEFKSNKTKCFELSEISGHVVEFSADQYGSRFIQQKLETATIEEKNMVYQEIMPHALALMTDVFGNYVVQKFFEHGLASQRRELANKLPGHVLTLSLQMYGCRVIQKAIEVVDLDQKIEMVKELDGNVMRCVRDQNGNHVIQKCIECVPEDAIHFIVSTFFDQVVTLSTHPYGCRVIQRVLEHCEDPTTQQKVMDEILGAVSMLAQDQYGNYVVQHVLEHGKPHERSSIIKELAGNIVLMSQQKFASNVVEKCLSFGGPAERQLLVDEMLGSTDENEPLQAMMKDQFANYVVQKVLETCEDQQRELILSRIKVHLNALKKYTYGKHIVARVEKLVAAGERRMAAQSPQPA*

Promoter(3k):

>AM05G016500.1
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Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF07990.15	NABP	304	702	5.70E-156
PF00806.22	PUF	707	741	5.90E-83
PF00806.22	PUF	743	774	5.90E-83
PF00806.22	PUF	779	812	5.90E-83
PF00806.22	PUF	851	886	5.90E-83
PF00806.22	PUF	890	921	5.90E-83
PF00806.22	PUF	924	958	5.90E-83
PF00806.22	PUF	970	999	5.90E-83

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0006417	regulation of translation	Biological Process
GO:0003723	RNA binding	Molecular Function
GO:0005737	cytoplasm	Cellular Component
GO:0005730	nucleolus	Cellular Component

InterPro

InterPro term	Description
IPR033712	Pumilio, RNA binding domain
IPR001313	Pumilio RNA-binding repeat
IPR033133	Pumilio homology domain
IPR012940	Nucleic acid binding NABP
IPR016024	Armadillo-type fold
IPR011989	Armadillo-like helical

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A8B8KPL1	_

SwissProt

SwissProt term	Description
PUM2_ARATH	Pumilio homolog 2

KEGG

KO	Description	Enzyme
K17943	pumilio RNA-binding family

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT2G29190	pumilio 2
Medicago sativa L.	MsG0480021034.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os01g62650.1	pumilio-family RNA binding protein, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa011738	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000004s00000473.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr06_27240T	_
Arachis hypogaea L.	AH08G11850.1	Pumilio homolog 2 like

Expression pattern