Gene detail

Detail information of Am04G030830.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am04G030830.1	Patched family protein

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am04G030830.1	mRNA	Chr04	180513432	180585889	-

Sequences

CDS:

>Am04G030830.1
ATGGGTATTCTTAGTATCATCGTCTCTGTTGGCTTTCTATTACAGCTACTTTTACTCTCTTCGCTTTCCCTCTCTTCCGCTCAAACATCCGGGGCTATCCATTCTAAAGAATACTGCGCAATGTATGATATATGTGGTCAACGCAGTGATGGGAAAGTTCTCAATTGTCCGTATCCTTCCCCTTCTGTGAAGCCCGATGATCTACTATCTGCCAAAATTCAAAGTTTGTGTCCCAGCCTAACAGGAAATGTTTGTTGTACGGAGGAACAATTTAACACACTAAGGGCACAGGTTCAACAGGCAGTACCGGTTTTAGTTGGCTGTCCTGCGTGCTTAAGGAACTTTCTAAACCTTTTCTGTGAACTCTCTTGCTCTCCTAATCAGAGTCTCTTCATCAACGTGACTTCTGTTTCTGAGGTCAGGCGTTTCTTTTCTGGAACTTATTTTGTAGTTAACGGTAATATGACTGTGGATGGTATTGGTTATTATATAACCGAAACTTTTGGAGAAGGTTTATATAATTCATGTAAGGACGTAAAATTTGGGACAATGAATACGAGGGCCATGGATTTTGTCGGGGCAGCAGCTACCAGTTATGAAGAGTGGTTTGCATTTCTTGGAGCAAAAGCGCCTCCTGGTTTTCCTGGGTCACCTTATTCTATAAATTTTACGACAACCATTCCTGACTCATCTCCTATGGAACTCATGAACGTATCTGCATATTCATGTAATGACACCTCGCTGGGTTGCTCTTGCGGCGATTGTCCTTCATCTCCCATCTGCTCGGGTTCAGAACCTTCACCACCCATAAAAGATCCCTGCTCCATTAGGATGGGATCTCTGAAGGTTAGATGTGTGGATTTTTCATTAGCTGTATTGTACATTCTATTGGTGTTTGTGTTGCTTGGATGGGTGTTGTTGCAAAGGACAAGGGGAAGGAGGAGACTTGGCTCCAATGTGGAACCATTGTTGAATGATACCGTTGGTGAAGGAAGTAGTTTTACTAACCTCCAAAGGGACGAAACTCATCCTGAAGAGGTGCAAGTGATGGATCCTCAAAGGAAGAATGTGGTGCAGTTTTCTTTTGTTCAAGGATGCTTGTCTAGGTTTTACAGGGCTTATGGACGATGGGCTGCTAGAAGGCCCACTATTGTTCTTTGTTCCTCATTGGCAATTGTTCTTTTGCTTTGTCTGGGTCTGATTCGTTTTGAGGTGGAGACTCGACCTGAGAAGTTATGGGTAGGCCCTGGAAGTAAGGCAGCAGAGGAGAAAGATTTTTTTGATAACCATCTGGCCCCGTTCTACAGAATTGAACAGCTCATAATAGCCACAATCCCTGAATATGAACATGGCAAGCCACCAAGTATCATAACAGACGACAATATTGAAATGCTTTTTGAAATACAGGAAAAGGTTGATGGAATTCGTGCAAATTATTCTGGTTTATTGGTATCTCTGAGTGACATTTGCATGAAGCCTTTTGGGGAAGACTGTGCCACTCAAAGCATTTTGCAGTATTTTCAAATGGACCCCGACAATTATGATGACTATGGAGGTGTTGAACATGCCGAGTATTGTTTTCAGCATTACACTTCTACAGAAACATGCTTTAGTGCATTTAAGGCTCCCCTTGAACCAATTACTGCCTTGGGAGGGTTTTCTGGGAACAATTATTCCGAGGCTTCTGCATTTATTATCACATACCCTGTCAGTAATGCAATTACAAAAGTGGGAGATGAGAATGGGAAGGCAATTGCTTGGGAAAAAGCTTTCATCAAGTTGGCTAAGGAGGAATTGCTTCCGTTGGTGAAGTCTAACAATCTTACTCTGTCATTTTCCACTGAAAGTTCAATTGAAGAAGAATTAAAGAGAGAAAGCACTGCAGATGTCATAACAATACTCGTAAGCTATGTTGTAATGTTTGCTTATATATCGGTGACATTGGGAGATAGACCACCTCAGCTATCTTCTTTCTACCTCTCGACCAAGGTATTGCTTGGTCTTTCGGGAGTTTTGCTAGTTGTGCTTTCGGTCCTTGGATCAGTTGGATTTTTCAGCGCTATTGGGGTGAAGTCCACACTAATCATAATGGAAGTCATACCTTTCCTGGTTTTAGCTGTTGGCGTCGATAACATGTGCATAATTGTAGATGCTGTGAAACGGCAACCCTTGAATATACCAATAGAAGAACAAATAAGCAATGCAATGGGGGAAGTTGGGCCATCCATAACACTTGCCAGCCTAGCGGAGATTCTAGCATTTGCGGTAGGATCGTTTGTTTCTATGCCAGCATGCCGTGTTTTCTCCATGATTGCAGCTTTGGCGGTTCTACTGGACTTTCTTCTACAAATCACTGCTTTTGTGGCTTTGGTTACGTTAGACTCTGTGAGAACCAAGGATAACAGGATTGACTGCTTTCCATGCATTAAGTTGAACACATACTCTATGGAGCAGACTGAAGGAATTAGGCAGGAGAGAGACGGATTGCTAACACGATATATGAAGGAGATTCATGCACCATTTCTTGGACTATGGGGAGTTAAAATCTTGGTCGTCGCCATATTTGTCGCACTTACCTTAGCAAGCATTGCATTATGCACAAGAATTGAACCTGGACTTGAGCAACAGATTGCTCTTCCACGGGATTCCTACCTTCAGGGATATTTCAGTAACATTTCCGAATACCTCCGAGTTGGACCACCATTATATTTTGTGGTGAAGGATTACAATTACAGTTTGGAATCCAAACATACAAACCAGCTATGCTCCATTAGCCATTGTGATTCAAATTCTCTTTTAAGTGAGATATCTAGAGCATCGTTGGTACCGGAATCAAGCTACATTGCCAAGCCAGCTGCCTCATGGCTTGATGATTTCCTTGTATGGATATCACCTGAAGCTTTCAGTTGCTGTCGAAAATTCACAAATGACTCTTACTGTCCACCTGATGATCAGCCACCTTGCTGTTTACCAGATGAAGGACCGTGTGGATTGGGTGGAGTGTGCAAAGACTGTACAACATGTTTCCGTCACTCGGATTTGGTTAATGATCGTCCATCTGCGGCACAGTTCAGAGAGAAGCTTCCCTGGTTTCTTGATGCACTGCCATCAACAGATTGTGCAAAGGGTGGTCATGGAGCTTACACCAATAGTGTAGATCTGAATGGTTATGAGGGTGGTGTCATACAAGCTTCTGAGTTTCGTACATATCATACACCTGTTAATAAACAAGGTGACTATGTTAATGCGATACGAGCTGCAAGGGATTTTTGCACTGGAATGTCTGCTTCTTTAAAGATGGATATATTTCCGTACTCAGTATTTTATATCTTCTTTGAACAATACCTGGATATATGGAAGATAGCTCTGATGAACATTGCTATAGCACTGGGTGCCGTTTTTGTTGTTTGTCTGGTCATCACATCCAGCTTGTGGAGTTCTGCAATCATATTACTTGTTCTTGTCATGATAATTTTGGACCTCTTGGGTGTAATGGCGATTCTGGGCATTCAACTAAATGCAGTGTCTCTTGTAAACCTTATTATGTCAATAGGGATTGCCGTGGAGTTCTGTGTGCATATCGCACATGCATTCATGGTAAGTTCAGGGAATAGGTGTCAACGGGCAACGACAGCACTGTGTACCATGGGGGCTTCTGTATTCAGTGGAATCACGCTTACAAAATTAGTCGGAGTTCTGGTCCTTTGCTTCTCAACATCAGAACTTTTTGTGGTGTATTACTTCCAGATGTATCTGGCGTTGGTTATCATTGGCTTCTTGCATGGTCTTATTTTTCTGCCAGTGGCATTAAGCCTGATTGGTCCTCCATCAAGGTATAAAGTAATAAAGGAGCAGCTAGAAGACACGTCTTCTGCTTCAACATAA

Protein:

>Am04G030830.1
MGILSIIVSVGFLLQLLLLSSLSLSSAQTSGAIHSKEYCAMYDICGQRSDGKVLNCPYPSPSVKPDDLLSAKIQSLCPSLTGNVCCTEEQFNTLRAQVQQAVPVLVGCPACLRNFLNLFCELSCSPNQSLFINVTSVSEVRRFFSGTYFVVNGNMTVDGIGYYITETFGEGLYNSCKDVKFGTMNTRAMDFVGAAATSYEEWFAFLGAKAPPGFPGSPYSINFTTTIPDSSPMELMNVSAYSCNDTSLGCSCGDCPSSPICSGSEPSPPIKDPCSIRMGSLKVRCVDFSLAVLYILLVFVLLGWVLLQRTRGRRRLGSNVEPLLNDTVGEGSSFTNLQRDETHPEEVQVMDPQRKNVVQFSFVQGCLSRFYRAYGRWAARRPTIVLCSSLAIVLLLCLGLIRFEVETRPEKLWVGPGSKAAEEKDFFDNHLAPFYRIEQLIIATIPEYEHGKPPSIITDDNIEMLFEIQEKVDGIRANYSGLLVSLSDICMKPFGEDCATQSILQYFQMDPDNYDDYGGVEHAEYCFQHYTSTETCFSAFKAPLEPITALGGFSGNNYSEASAFIITYPVSNAITKVGDENGKAIAWEKAFIKLAKEELLPLVKSNNLTLSFSTESSIEEELKRESTADVITILVSYVVMFAYISVTLGDRPPQLSSFYLSTKVLLGLSGVLLVVLSVLGSVGFFSAIGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCIIVDAVKRQPLNIPIEEQISNAMGEVGPSITLASLAEILAFAVGSFVSMPACRVFSMIAALAVLLDFLLQITAFVALVTLDSVRTKDNRIDCFPCIKLNTYSMEQTEGIRQERDGLLTRYMKEIHAPFLGLWGVKILVVAIFVALTLASIALCTRIEPGLEQQIALPRDSYLQGYFSNISEYLRVGPPLYFVVKDYNYSLESKHTNQLCSISHCDSNSLLSEISRASLVPESSYIAKPAASWLDDFLVWISPEAFSCCRKFTNDSYCPPDDQPPCCLPDEGPCGLGGVCKDCTTCFRHSDLVNDRPSAAQFREKLPWFLDALPSTDCAKGGHGAYTNSVDLNGYEGGVIQASEFRTYHTPVNKQGDYVNAIRAARDFCTGMSASLKMDIFPYSVFYIFFEQYLDIWKIALMNIAIALGAVFVVCLVITSSLWSSAIILLVLVMIILDLLGVMAILGIQLNAVSLVNLIMSIGIAVEFCVHIAHAFMVSSGNRCQRATTALCTMGASVFSGITLTKLVGVLVLCFSTSELFVVYYFQMYLALVIIGFLHGLIFLPVALSLIGPPSRYKVIKEQLEDTSSAST*

Promoter(3k):

>AM04G030830.1
TGATGGAAGGAGAGACTAACATGTCTCGTTTTGAAAATGTGAAGGGCTAATGTGTCCCGAAAAAATTGTTAGGGACAAATTCGTCATGTGAGGAAATTGTCAGGACCATTTTGGACCCTTAGTCTTTTAAAAATAGTTGCGAGACAACAAATACGAGTGCGAAAAAATGCTATTGACCGCGCCCGATACCGTATTTCACTGCTATAACGAAGTGATGTCAAATTGCATGCTACCGTCGCAATATAACGACACAGTGGCCGCGACAGGTCGAAAAATGCTACCGTCGCAATATAATTGGGAAAATGAAATTAGGGAGTTGAACCACTCTCATCCATATAGGCAGTCTACCTAGGCATAATGGCCTCTGGGGATGCAAAACCCTCATCCAAATGCCAGCATGATTAAAATGCGACACATGAGCTCTAAAATCATCTTAGGGACTAAATTGAATACTTTTATAAATTGCAAATGATGTTTTAAAAAGCAAATTTTTGTAGGGCCTGAAATGGATATTCATTGTATTTGTAGAGACAAAATAATATTTAAACCCATTTTCTATATTATAACACTCAACTAATATTTATATACTATTACAATTTTATAATACACTACAATACCAAAAAGGGTCGTTGGTCAAAGTGGTAACTAGACTTGGATCCCATTCCAAGGTCTCGGGTTTGAATATTGGGTGAGGCAAAAACTCTTTGGGAGGGGAGAACCACACGAGCCGGTAAAACTGGGTACTCGTGGCCAGCCAGGTTTTTCGGCGTAGATTAGTCACCGACAAAGCCGATGAAAACTACGCACTAATGACATGGTAACAAAAAAAAGTTGTAGGGGCGTGTGTAATAATTTGATTTATGAATTATTTTTGTGGGGCGAAGGGAGTTGAAATCGTGTGTAATAATTTGTAGTAAAAAACTAAAGGAAGTTAATGAAATTATTAAATTTCATAAATTGAATAATTTCGAAAATTGGATAATTTTAAAAATTTGTAGGTAAAAAACAATTTAGGTAATTGAATTTTGGATAAATAGTTTTGATAAAAGCATTAACTTTTGATGAATAGTTTATGTATTTACCATATACTATTCATCTTTTAATGATTTGGATATCAATGAGAACAAGAATCGTGATAAAGATCGTATAGATAGAGGTAAAGCTCATAAACCTTCAGATCTTGTTGATAAGGGTAAAACCTCTTAATATCATTGAGCCTAACCAAAAGAGTAAGGAGAAGTTAATCTATTGTCCCATTGATCACACTTGTAGTTCGAAGGATGTTGTTCCGATCATGGATAAGTCCTTGGTGGATAAACCTATCGAGAAAGGTAAAAGTGTTGCTATTCAAGATGATGCACAATCTAGTTAGATGTTAATGACTTGGTTGTTAAGAGTCAAGATCTTAACAATAATTGCGGAGGAGAGGATATTAAAGACAAAGATTGTACTACTCAATATGATGACCCACGTGTTAATGTCTTGGTTGTCTTGAGTTCTTCTAGAAATGTTGCATATAGTCACAATGCTGGTGAAGGTGCTAATGTCAGCGGGGCGGGGTGGGGCGGGCACGGGTATCTCACTACCCGGACCCGACCCGTTTATTATAAATAGGACCCGGACTCGTCCCGGACCCGCGCGGGTACCCGTTTAACGGGTTTTAAACGGATATTTTTTTAAACGGGTACCCGCGGCTACCCGCGGGTATTTGTAAATTAATAAATAAAAAACTTTTAAAAATAAAATTTGAAATACCATAGAAAATTAGTTTTTTTAACACTATTTTTTTGATTCATTTATATAAAAAAATTACGCATTTTGATATGTATTTATCGTATCAACTATTTATTAATATATAATTGTTAATGAATTGAGATAAAAAAACTAAAATTATGATAATAGAAACTTGAAAAATAACAACTAAACATTATCCAAAATATTAGGATAAAAGATACAACAAAATCTGAATAAACATCCACTTAAACAACAACAACAATAAGTTTTTGCTTTTTATATTGGTATATATATGAGGGCAACTATATTTACTAACGGGTACGGGTACCCGCGGGTCCGGGTACCCCGCTACCCGGATCCGCCCCGTTTATTGACGGGTAGTCAAAATACCCGTTTATTTGGCCTGCGGGTACCCGTTTAACTACCCGCCCCGGACCCGTGACGGGTTTTACCCGCGGGTACCCGCGGGTCCGGGTTTTTTTGACACCCCTAGGTGAAGGTATTATTGTTCCTAGTGAGACTGTTAAAGAGAAATGTTCAGAACCTAATGTCATTCCTTCTCCCTTCAAATATTGATGACTCTAAGGCTCGTGAAATGCATATTTTTTTTTTGGTATGGGCCATTAATTGCTGGCTACCACATGTGTCTCAACGCTTTTAACGAAAGACTAAATATCCGTTCGTGCTTAGGATCAAATTTCGCACTGAACACCGAGTTTGTTTACTGCGAGAATCGAATCCGAAAACATCGAGTCAACCCCGTGTTTCAAAATAGATTAAGCCATTGCGCGAACGGTGTTCGTTCGTACATGCATACTCTAGGCGGGCGATCATGGAGATGGTGATAGTCCACGGGAGAAAGCTTTATCCACTATTTCGTAAAGATCACAAAAGAAAAAGTGGAGCCAAATGACACTAAATTTCCATATTGCCCATTCTAAAAGAAGATAATGAATGTGCTGATATATTTCAATCCTATGGCAGTCATCGTAAAAGAGTTCCTTTTTAAAACAAAATCAGAGTTTAACTTGTAGTCCAGAATTTAACATATACACGGAAACTTTGTGTGAAAATATATATCATTTCTTGCTGTCCAAAAAAAAAATAATAATAGTATCATTTATTGTTTTAAACCGTCCCTTGTCCGTTCGGCTCTTGTAAGTAGTTGGGCGTCGGTCGCGTCTTGAGTTTTGACGAAGACTCCTCCTCCCCGCGGCGAGTGCAAGTGAGTCTGCGTTGCTCTTGCTCCTCAACGAAAGAGAAATA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF02460.21	Patched	556	899	7.10E-83
PF02460.21	Patched	1089	1273	7.10E-83
PF16414.8	NPC1_N	37	276	1.40E-63
PF12349.11	Sterol-sensing	661	810	1.60E-46

Gene family

Gene family	Subfamily
Transporter family	RND

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0015850	organic hydroxy compound transport	Biological Process
GO:0042910	xenobiotic transmembrane transporter activity	Molecular Function
GO:0042908	xenobiotic transport	Biological Process
GO:0015297	antiporter activity	Molecular Function
GO:0055085	transmembrane transport	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR000731	Sterol-sensing domain
IPR003392	Protein patched/dispatched
IPR004765	NPC1-like
IPR032190	Niemann-Pick C1, N-terminal

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2XML4	_

SwissProt

SwissProt term	Description
NPC1_PIG	NPC intracellular cholesterol transporter 1

KEGG

KO	Description	Enzyme
K12385	Niemann-Pick C1 protein

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT4G38350	Patched family protein
Medicago sativa L.	MsG0580030228.01.T03	_
Oryza sativa L.	LOC_Os04g47590.1	niemann-Pick C1 protein precursor, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa014810	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000059s00006291.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr07_23480T	_
Arachis hypogaea L.	AH17G00500.1	Niemann-Pick C1 protein like

Expression pattern