Gene detail

Detail information of Am04G026170.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am04G026170.1	RING-H2 finger C1A

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am04G026170.1	mRNA	Chr04	168709363	168712220	-

Sequences

CDS:

>Am04G026170.1
ATGTCAAGTGGAGCAACGCACTGGTGTCATGCATGCAATCAGCCAATCGTGCTTGAAGGGAGAGATTTCGCTTGCCCCTACTGTGATGGGGGATTTGTACAAGAACTTAATGAACTGCGAGGTGCTACACCCCATTCTACCTTTTCATCACGCTCGGGAGATCTTCAACAAATGCCTGACATATTTGAAGCTATACATGCTTTTATGGAGCAAAGAGGTTCTGACCACAGATTTGGGCTTATGGATGCTGTTGATAATTTCATGAGGCATAGAATGTCCGGAATGCACCCGAACTATGATGTTAGAGGGAGGTCCAGTACTGTCCCAGTTCCTGAACAGAGTTGGGGTGTTTATAGTTCTGGTCCTTTTTTAGTATTTCAAGGTCAAGTTCCTGGACTAACCCTGTTTAACAACAGCCCAAGAGGTGGTCCTAGGCGTGTGGATTTTGGCGACTACTTTATGGGTTCTGGACTTGAAGAACTTATTGAACAACTTACCATGAATGATCGCCGTGGTCCACCCCCAGCTGCACGATCTTCAATTGATGCAATGCCTACCATTAAAATCACACAGGCGCATCTTCGCCAAGATTCACACTGTCCTGTTTGTAAAGAAAAATTTGAACTTGGATCTGAAGCCAGGGAGATGCCCTGCGACCATATTTACCATTCTGACTGTATTATCCCTTGGTTGGTTCAGCATAACTCTTGTCCCGTTTGCCGTGTTGAGCTTCCACCCCAAGGACACGTTAGTTCTCATAGTAGTAATCGAAGTCGGGGAGGAAGGAATGCCAACAACAGCAGCGGCAGCGATGATAGCTCCAGAGGTAGGGAGAATGAGCATCAGAGCCAGGGAAGGAGAAATCCACTATCATTTTTGTGGCCATTCCGTTCTACTTCTAGTTCAAACAATAATCAGAGTGGGGGAAGCAGCTCTTCAACCACTCCTGACCAGAATAATGGAACAAGTTATAGTCGATGGCACTTTGGTAACTAA

Protein:

Promoter(3k):

>AM04G026170.1
ATTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCTCTACGCTCTACTCAGAAAGCTTTCCATTCTTCCTCTGTTTCTTCTTTCTTTTACTTTCAATTTTTTTTAATTGATAATTTAACACGTGGCAAGCCATTTGGCAATTAAAAATGCCACATAGATACTTGACTGACACGTAGACAGAGTGTTAACAGACATCCTAACAGAAGGGCTAACGCCAAATTGTTGATATTTGCAAGGGGTTTTTTAAAAAAAAAATTTTGCAGGGGGTAAAAGCAAAACACCCCCTATTTGCAGGGGGTAAAAACGTATTTAAACCTATATTTTATTTTTAATTAGCTAATTATTTTATCTAAAAAATATTAGTAAATTTTTAGTTTAAAATGTCAAAGATCTAGAAAGTTTTGGTTTTTCACAAAAAAGAGATTATTTTTGCTTTTTATTCATGTGAGTCAAGCTAACGAGTAAAGTTTGAGCTCGAGTAAAGTTTTGACATTAAAGGGCATTTCTTACTTTACTCGACTACGAGATTATGTCGAACTTGAGTCGAACTATTCAAGGGTGAATTAAATGGGTGTTTCGTGAATGAAGGATATTTTATTTTGTACATATTATAATATTGTTATATTTTAAGCTTATTTTTATTTGTTTTTCACTCCTATTTTGCTATGCTGTAGTGTATAAAGTTAATGTTTGATGAAATTTTCTTTAAATATTATTCGTATCCAAACTTTTAGCATTTTTTATTTTCATTTAAGAAATTCATTTTGACTTAAAAATCACTCTTTATGTTTAGCTTCCTTATAAAAAGTAGGCTAAAACCAACATTATTAGCCGAGTGACATGAGCTACCTTGGTGCTACCACGGAAGGTCGATCTGGTACTCCCAAGTTCGATTATTGTATTGGATAAATTTAGTATTGGGCAGTCGTTCATTAAAAATAATGAGATCTGTTAATAGCCAACAACAATCGTTAAAATTAGGCTAACTTCGCCCTCCAAAAGTGATAAGTACCTTTATAAATATAAGACTTTCTCCAACTTAATGGTAGTTTCATTCTCAACACCCAACTCATCTAACCTTTTCTCATAGAAAAATTACAAATGATTATAAAAAGAAAAATTATGTGCTCTCTGTCTTACTATTTTATGCTGGAATTTCATTGAGCATGAGGGTAACTTAAGTTAATGGTAAAAGGGTATAACCGTAAATGCACAACAACCCCACAAAGACGGTGATATTTGTCACACCGTACAATTTCTGTTGGAATTTCCATTCATTCCTTCTTTTTTTTCATTTATTAATTATATTCTTTCATATTTTTGCGATAAAAGAAAGAGTCAATAATTCTCAAGTAGTGAAAACTGAACTTTTTTCTTCGCTCAGAAGCAAAAAGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGAATTTCAGGGTAGTTACTAAGCTACTAGTTCTTGCTATTTCCTCTGGTAAGTTCACTCTTGATGAATCCTGAACTTTTCAATTTCTCCTGCAATTTCTATTCTTATTTTTTTTGGACTTTTTTGTTCTTTGTGGTCGATTCGATTCTGTATGATTTTTAACTTAATCTGCTCCTTGAAGTAAATAGATATTGATTAATTGAATCTACATTTGAAAAAAAATTATGCTTTAATTACAAATTTCGTGTTTGATTCTCACTCTCAGTTTTCAATTGGGGTTTGTTTATGCTTTGTTTACTGTATCTTAGGTTATAATCAATGATAATTTCCCTTTGCTTCTTGCATCAATTTTGATATCCCAGTTATTTATCTTTGTTAATTTAATTTTTCCTTCAATTTAGGAAATAATTGATTTCATTTATGAGGATTCTGCACAAAATTTGTTCCCCTTTTATAGAATGTTGGACCTAATTCCCTAACTGTTCTTTGTTGATAACCTTTCTCTGTTACAAAATATATAATTTTTCATTACAGTTACATGTGGTATCTAGCATCTGGTTTAATTGTTTCTTTCAATTTGTTTGAGTGTTTTGCATTTTTGTGATCTGTAATTTTGTCAATTTTGTTTTAGTGTCATGTTTTGGTTGAAAGACATAGTTGACTTTCACCCATATTGGACAAATTTTTCCAGACGTAAGTGTAATCATAGAAAAAGAAATATTAAAAGAAGCTTATAATAAGTCAATAACTGAGTTTTTAAGATATTAGCTTTTCATATTACTTGAAATTTGTTTCTGTATCTCTTTTTTTTTTCAAAGGCTCTTTCATTTAACTTTTCCATAAATAACTATAAGCTTATAAGGACTTCAAGCATAAACTTATTGTGATTAAGAGACTTTCATAAGTGGAACTTGGAAGTTAATGCAAACTGGCCTTTATAGTAGCAGTTCTTCTGTTAGTAGTAGAAGTCTTGACTTTCCTTTGTAGAAAATTAAGTATTAGGATCGTTAGATATGCTTAAATACAGCTAAGTTGGGACCTGTGTGATTATACTTTCCTTTTATAATTGGAATTTGGAAGTTAGTTTCTAAATCGTCTATGCTGCTGTGATTTGCATGCAACTTAATGAAACCTTTGTGTACTTCATTTCAAAAGTTAGGGAATAAACCTTATTCACATTTCTTATTATGGTATACATTGTCAAAAAATCTTTTTTCGAGTTCTGGAGTTCTGGTGCTAAGACTGGAGCTCTCATCAAATGAAAACTTTGATCTTATTTCGGTCCCTTTGCTGGTGTGAATTTAATTGGATATAGCCAGTGTAGTAAGTATCGTACGATTCCAAATTAGTTCCGGTTATCATATGTATATTAACACCCACATAGCCAATTGGAATATTAAATCTTCAGGGCTTGAATTGGAATATTGAATCTTCGGGGCTTGTTTCATTTATCGATTCCAAAATTATAATTAGTTTTTGATCTATTAATTGTTTTTATTTATGTATAGATAGATATTAGATATATGATGCGGAATGAAAGTTGAATTTTGATACAGATTTTACTATTTCTAAGGTCTAGTTGAAGAGAAAGA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF13639.9	zf-RING_2	199	241	7.80E-11
PF13923.9	zf-C3HC4_2	200	240	2.80E-09
PF14369.9	zinc_ribbon_9	6	36	3.70E-09
PF17123.8	zf-RING_11	200	227	9.20E-07
PF13445.9	zf-RING_UBOX	200	238	1.70E-06
PF12678.10	zf-rbx1	197	241	4.60E-06

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	RING

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0061630	ubiquitin protein ligase activity	Molecular Function
GO:0016567	protein ubiquitination	Biological Process
GO:0005737	cytoplasm	Cellular Component
GO:0046872	metal ion binding	Molecular Function
GO:0016874	ligase activity	Molecular Function

InterPro

InterPro term	Description
IPR001841	Zinc finger, RING-type
IPR013083	Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR039525	E3 ubiquitin-protein ligase RNF126-like, zinc-ribbon

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A8B8JCZ4	_

SwissProt

SwissProt term	Description
RHC1A_ARATH	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A

KEGG

KO	Description	Enzyme
K11982	E3 ubiquitin-protein ligase RNF115/126	[EC: 2.3.2.27]

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT2G40830	RING-H2 finger C1A
Medicago sativa L.	MsG0580029577.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os03g22830.2	zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
Cucumis sativus L.	Csa002688	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000834s00025311.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr05_36170T	_
Arachis hypogaea L.	AH13G05250.1	RING finger protein 126 family like

Expression pattern