Gene detail

Detail information of Am04G025060.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am04G025060.1	E3 ubiquitin ligase, putative

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am04G025060.1	mRNA	Chr04	164652429	164687846	-

Sequences

CDS:

>Am04G025060.1
ATGTCCATAGGCGAGCGTCGCCTAACAGTTCTCGGCGAATTCAAGCCTTTTGGTCTCGTCGCCGAAGCTCTCGATGGTAAACCCCCTGACACTGTAACTGACAAGTATGAATACTTCCTTTTCGATCCAGATATCACTCGAGACAGAGATGCCGAAGATCATTGCGATGAAGTCGCTTCTGCACCGAACAATCGCGGTGATCATGAGCTTTTCATTCGAGGAAATAGGATTATATGGTCGATAGGTGCAAGAGTGTTTAAGAGGTTTACTCTGCAATCTCCGGTTGTTAAGGTGTGCTGGTGTCATCTGAGTCATACAGCTGAAGCTCTTTTGTGCATATTACAAATTGATTGTTTGACGATCTATAATACATCTGGTGAGATAGTTTCAGTTCCACTTGCTCGTACAATCACATCTATATGGCCTCTTCCATTTGGTTTATTACTCCAGCAGGAAGTTGAAGCAAATACACCATCACGTGTTTCTTTTTCATCCACAAGTCCTTTGCTTAGTGCCCGTGATATGTTGCTTAGTGCATCTAATCATATCCAAAAGAGGGAAGGAAATTTAGTATCCTCTCATCTGATCTTGATGGATCCACTGGATGAACAACAGCCAACTTTTATTGAAGAAAGAGGGAAATTGAACATTATGAAGGAATATGATGAAAAGACAATCTGGACAAGTGATCAACTCCCGCTTATGGCATCCTATAATAAAGGAAAGATGCAGCACTCTTTGTGGGTTGCAGAAATCTTCAATTCTAACTTTGATGAGGCAGCCTCAGGTTCATTAAATTTAGACCCCATGGGTGTCTTGCCAAAACATTTGTCCTTCCGCAGAACATGGCAGGGAAAAGGTGCTCAAACAGCTGCTTGTAAGGTCTTTCTGGCCACTAATGATGATGCAGCACCTGTTGTCTGCTTTTTTCACCAAGAACAAAGAAAGTTGTTGTCTGTTAGTTTTCAGAGTGTTGAAATAAATAATGAGATTGTGTTTGATGTTAAACCTGATATGAGCTGGATCATAACTGCAATTGCAGCTTCACCTGTGATGGTAACTCGTCCAAGGGTCAAAGTTGGACTACTTCCATATTCAGACATAATGGTTTTGTCTCCAGAAAATGTTCTACTTCTCTACTCTGGGAAGCAATGCCTGTGTAGATACGTGCTACCCTCTTGCTTAAACAAAGACAAGGTTTTGCATGATTTGGAGCTTCCAGAAACATCTCTTTTCAATAGCTTAAAGATCACTGGCCTTGCGGATGCTGTTGAAGGGCGTATCAATGTGATTGTAAATAATAAGCAGATATTTAGATGTGCGTTGCGTCAAAGTCCTTCATCATCATTAGCTAATGATTGTATCACAGCACTTGCCGATGGGCTTGGTTCTAGTTTCTATAGACATTTTCTTGGTCTTCTCTGGAAAGATGGTGACCCTCCTGATTTATCAGAAGCCGAATCCAGTGTCGATTCAGAATGGGATTCTTTTTATCGTGTAATTATGAAAATTTGCAGAAAACCTAACATTATATCTCAAAAGAGTTCTGGTTCACTACCACAATCTGCTTGGGACTTCCTTCTGAGCAGCAAATTTCACAATAACTTCTGCAAAGTAAACTCGTTTGGAATATCTTGTGCTGTGCCACATGATCGGTTGGAGTCAAATTTCTCTACATCATCTATAGATAGTATACAAAGTTCTGAAAATCCATTTTTTACTGAACTGTTAATGGAATGCCTGGAATCTCTTCATGCACTCTATGAGAGCTTGAAACTGGATAATCTTCGCAAAAGGGACTTGGAGCATTTAGCGACTCTCTTATGCAACATTGCCGATTTTCTGGGCGAGGGCTTCTACTTGGACCATTACATTCGTGATTTCCCCGGCTTTTCTAAAAAGTTTCTGAAGCCTGGAACAGCCATTTCCCCTAAAATTTCTCCAAGTTTATTCAGATGGCTCGAGAGCTGCTTGCTACAGGGATGTAGTTATGCTAATATTAGTGATCTTCCATCTTTAGTCCGTAAAGATGGTTGTTCGGTGGTTAGTTTGGCGCGGAAAATAGTTTGCTTTTACAGTATATTATCTGGTGCTACTTTGGTGGGAAATAAGCTTTCTTCTGGTGTTTACTGTAACATTACAACGGGATCACATTCTTCAAAGGAGGAGCTTGCTGTTTTAGCAATGGTTGGTGAAAGGTTTGGACTTCAACAACTGGACTCCTTGCCTTCTGGTGTATCTCTTCCACTTCGTCATGCATTAGATAAATGTCGAGATTCTCCTCCCAATGACTGGCCGGCTGCTGCTTATGTCCTTCTTGGTCGACAAGATTTGGCGATGTCAACTTTGGCACGAGACTGCAAGTTTAAAGAAATTGAAACACTGACCAATGTGAATGTAATCTCTATGTCCACACCTTATATGCTAAATCTGCATCCAGTAACAATATCTTCTACTATTTCTGATGCAATCGGATTGGAAGAAACTAAGTTTGAGGACACAGATTCAGTTGACGGGTCTATGACAGATGGTATGGAGCATATTTTCAACCCTAGCACACAATTGCGTTATGGTCGTGATCTGAGATTGAACGAGGTTAGACGCCTTTTGTGCTCTTCAAGACCCGTGGCAATTCAAACATCTAATAACCACAGTGCATCCGATCAGGAACTCCAACAGACTCAATTATGGCACCTTGCCCAAAGAACCACTTCACTTCCTCTTGGACGTGGGGCATTTACCCTGGCAACCATACATACACTCTTAACTGAGGCTTTTAGTGTGCCGAAGCTTGTATTAGCGGGTCGGTTGCCTGCCCAGCAGAATGCGACAGTTAACCTCGATCCAAACAGCAGGAATATACAAGAACTCAAGGCTTGGCCTGAGTTTCATAATGCAGTTGCTGCTGGGCTTAGACTAGCCCCCCTTCAGGGGAAAATGTCCAGAACATGGATAATATATAATAAACCCGAGGAGCCAAATTCTGTTCATGCTGGGCTACTCCTCGCTCTAGGACTGCATGGATTTCTGCGTGTATTGAATATTACGGACATTTACCAGTATTATTATCAGGAGCATGAAAGTACTACTGTGGGATTAATGCTTGGCCTGGCAGCTTCTTATAGAGGCACTATGCAACCAGCAATATCGAAGACTCTCTATGTTCATATTCCTGTACGGCATACATCTTCCTATCCAGAGTTAGAGGTTCCAACCTTGCTCCAGTCAGCAGCTATAATGTCTGTGGGGATTCTTTATGAAGGTTCAGCTCACCCACAAACAATGCAGGTTTTATTGGGTGAAATTGGGCGCCGAAGCGGAGGTGATAATGTTCTCGAGCGAGAGGGTCATGCTGTTTCTGCAGGATTTGCACTGGGTCTTGTTGCACTTGGACGGGGAGAAGATGCACTTGGTTTCATTGGCTCATTTGTGAATAGACTGTTTCTCTACGTTGGTGGTAAAGTTCACAATGAGAGATCACATTTTTCAACAATCTCAATGGATGAAAATCGTGGTTCAGCCCAGATGATGGATGGGACAATAGCCAATATTGATGTCACGGCACCCGGAGCCACAATTGCCCTTGCTTTAATGTTCTTGAAGACAGAATCTGAGGCTGTTGCCTCCCGGCTCTCAATTCCCAATACATGTTTTGATTTGCAATTTGTACGGCCTGACTTCATCATGCTTCGAGTCATTGCTCGAAATTTAATAATGTGGAGCAGGGTTCATCCCTCGATGGATTGGGTTTGGTCCCAAATTCCTGAAGTTGTCAGATGTGGTGTAGAAAGCCTAGGAAGTGATGGGAATGATGTTGATGACATGGATGCTGAGGCTTTCATAAAGGCCTATGTTAATATTGTGGCTGGTGCTTGTATATCTCTTGGGCTGGTTTTTGCTGGCACAAGAAATGGAAATGCACAGGAATTACTTTATGAATTTGCTATATACTTTCTTAATGAGATCAAGCCTGTTTCCCCTACAAGGGGAAAATTCTTGCCTAAGGGACTGTCTCGTTACATTGATCGGGGGACATTGGAGACATGCCTTCACCTTATTGTTCTTTCCCTCTCTCTGGTAATGGCTGGGTCTGGACACTTAGAGACCTTTCGGTTGTTGAGATTTCTAAGGAGCAGAAATTGTACAGATGGGCAATCAAGTTATGGTATTCAGATGGCGGTGAGCTTAGCTATTGGTTTCTTATTTCTTGGTGGTGGAATGAGAACATTTTCAACAAACAACAGTTCCATTGCTGCTTTGCTCATTACTCTATATCCACGCTTGCCCATGGGTCCAAATGATAACAGATGCCACCTTCAGGCATTTCGCCATCTTTATGTCCTTGCAACAGAGGCGCGATGGATTCAGACTGTTGATGTTGACACAGGTCTGCCTGTTTATGCTCCTATTGAGATCACAGTCAGAGAAACAGAACATTATGCAGAATCAAGCTTTTGTGAGGTCACTCCTTGCCTTCTGCCAGAACGAGCTACTTTGAAAACAATACGTGTTTGTGGGCCTCGCTACTGGCCTCAAGTAATAGACTTTACCCCTGAAGATAAACCTTGGTGGAACTTTGGTGACAAGAATAATCCATTTAATTCTGGTATTCTCTTTATCAAAAGAAAAGTAGGAGCTTGTTCATATGTTGATGATCCCATTGGGTGCCAGTCATTGCTGTCACGGGCAATGCACAAGGTGTTTGGCCTGGCAAGTTTAAAAGCATCTGATACCATCACCGATACCCATGGTGGATCTGGTTCTATCACCGTTGATCAGTTGGTTGGTACCTTCTCATCTGATCCTAGTTTGATTGCTTTTGCACAATTTTGCTGCGATCCCTCCTGGTCTAATAGATCTGATGTTGATTTCAAGGAATTTTGCTTGCAAGTATTATTTGAGTGTGTGAGCAAGGATAGACCAGCTCTTTTACAGGTATATTTGTCATTGTACACAACAGTTGAATCAATGGTCAATCAAATTACTAGTGGTGCCACTGTTTCTGGTGACTCACTCTCTATATGCGGTTTTAAGCTTGCACTGACTTACATTGAGGCATTGATGTCTGGAAAATTATCTGCTCCAAAAGGAGGAATCGTACAACCAACATTCATTGGTTCTCTTAGGAAGCAGGTGGAAGAAGTTCTAAATAGTTCTCAGGAATTGAAGGATGATTTTCATAAATATTTGAAATTGGGAAAATGGCCTGATGGTGAATCGCAAAATAAACATTCGGTGCTTCTTTCTTGGTATCTTCAGTGGTATGATGTACCCCCTTCTTCCGTAACCAGGACAGCTATTGATAGAGTCAAACCTAAGCTCATGTCATCATCTTCAGTTCCTTTGTTGCGTCTGTGTTTTCCAAAAACTCATATCGATGCCATTAGCGAGATAGATAGATGTTTCAGATGA

Protein:

>Am04G025060.1
MSIGERRLTVLGEFKPFGLVAEALDGKPPDTVTDKYEYFLFDPDITRDRDAEDHCDEVASAPNNRGDHELFIRGNRIIWSIGARVFKRFTLQSPVVKVCWCHLSHTAEALLCILQIDCLTIYNTSGEIVSVPLARTITSIWPLPFGLLLQQEVEANTPSRVSFSSTSPLLSARDMLLSASNHIQKREGNLVSSHLILMDPLDEQQPTFIEERGKLNIMKEYDEKTIWTSDQLPLMASYNKGKMQHSLWVAEIFNSNFDEAASGSLNLDPMGVLPKHLSFRRTWQGKGAQTAACKVFLATNDDAAPVVCFFHQEQRKLLSVSFQSVEINNEIVFDVKPDMSWIITAIAASPVMVTRPRVKVGLLPYSDIMVLSPENVLLLYSGKQCLCRYVLPSCLNKDKVLHDLELPETSLFNSLKITGLADAVEGRINVIVNNKQIFRCALRQSPSSSLANDCITALADGLGSSFYRHFLGLLWKDGDPPDLSEAESSVDSEWDSFYRVIMKICRKPNIISQKSSGSLPQSAWDFLLSSKFHNNFCKVNSFGISCAVPHDRLESNFSTSSIDSIQSSENPFFTELLMECLESLHALYESLKLDNLRKRDLEHLATLLCNIADFLGEGFYLDHYIRDFPGFSKKFLKPGTAISPKISPSLFRWLESCLLQGCSYANISDLPSLVRKDGCSVVSLARKIVCFYSILSGATLVGNKLSSGVYCNITTGSHSSKEELAVLAMVGERFGLQQLDSLPSGVSLPLRHALDKCRDSPPNDWPAAAYVLLGRQDLAMSTLARDCKFKEIETLTNVNVISMSTPYMLNLHPVTISSTISDAIGLEETKFEDTDSVDGSMTDGMEHIFNPSTQLRYGRDLRLNEVRRLLCSSRPVAIQTSNNHSASDQELQQTQLWHLAQRTTSLPLGRGAFTLATIHTLLTEAFSVPKLVLAGRLPAQQNATVNLDPNSRNIQELKAWPEFHNAVAAGLRLAPLQGKMSRTWIIYNKPEEPNSVHAGLLLALGLHGFLRVLNITDIYQYYYQEHESTTVGLMLGLAASYRGTMQPAISKTLYVHIPVRHTSSYPELEVPTLLQSAAIMSVGILYEGSAHPQTMQVLLGEIGRRSGGDNVLEREGHAVSAGFALGLVALGRGEDALGFIGSFVNRLFLYVGGKVHNERSHFSTISMDENRGSAQMMDGTIANIDVTAPGATIALALMFLKTESEAVASRLSIPNTCFDLQFVRPDFIMLRVIARNLIMWSRVHPSMDWVWSQIPEVVRCGVESLGSDGNDVDDMDAEAFIKAYVNIVAGACISLGLVFAGTRNGNAQELLYEFAIYFLNEIKPVSPTRGKFLPKGLSRYIDRGTLETCLHLIVLSLSLVMAGSGHLETFRLLRFLRSRNCTDGQSSYGIQMAVSLAIGFLFLGGGMRTFSTNNSSIAALLITLYPRLPMGPNDNRCHLQAFRHLYVLATEARWIQTVDVDTGLPVYAPIEITVRETEHYAESSFCEVTPCLLPERATLKTIRVCGPRYWPQVIDFTPEDKPWWNFGDKNNPFNSGILFIKRKVGACSYVDDPIGCQSLLSRAMHKVFGLASLKASDTITDTHGGSGSITVDQLVGTFSSDPSLIAFAQFCCDPSWSNRSDVDFKEFCLQVLFECVSKDRPALLQVYLSLYTTVESMVNQITSGATVSGDSLSICGFKLALTYIEALMSGKLSAPKGGIVQPTFIGSLRKQVEEVLNSSQELKDDFHKYLKLGKWPDGESQNKHSVLLSWYLQWYDVPPSSVTRTAIDRVKPKLMSSSSVPLLRLCFPKTHIDAISEIDRCFR*

Promoter(3k):

>AM04G025060.1
TAGGGTTTAAGCTCTACGCCACTAAGAGCATCTTCATCCATGATCTCCACCTAATTGCTTAATTAGATACCACTACTTCCACATCATTTTAAAGCAACTTACATTTTTTTTACTCCAATGTAGAACTTCTTAAGAACTACAAATGGGTCCCACTCCCACAATCTATTGTTTTCAATTTAAATTATTAATTTATTTAAAATGTAAAACGTCTAATTTATTAAATTTGCGTTTCTCACTCACGTTTTGTTTCAGCTTCATTCATGATTCCTTTTCCCTTCTTTATTTTTATTCTACAAATATACTAGCAATTAAAATAGGAGCCATGGTGTGTGGCAATTAAAAATTTAAAAGATTTTTTTTTGACAATTTTTTTTTAAAAGATTGATAGCTAAAAAAAACTGCTTTCGAGAACCTTCTCTTTGACCAAAATTAATTCAATTAAGGCTAAAGTGCTCCCGGGGTCCCTTATCTTTATTTAAAGTAACGAATTAGTCCTTTATGTTTTTCTTGTCCCAAATAAGTCATTTATCTTTCAAATTTTTGACACATAAATCATTTTCCGTCAACCTCCATCCAACTTTGTTAACAGTGCTTATGTGGCGTGCTGACTCATTATTTGATTAGGTGGCATGTCATTTTTATTTTGGTTTAGCTTTGATTTTTATTAAATTAAATTATATGCCACCTAAGCAAAAATAAAAATGACATGCCATCTAATCAAATAATGAGTCAGCACGCCACATAAGCACTGTTAACAAAGTTGGATGGAGGTTGACGGAAAATGATTTATGTGTCAAAAATTTGAAAGATAAAAGACTTATTTGGGACAAAAAAAACATAAAGGACTAATTCATTACTTTAAATAAAGATAAGAGACTCCGAGAACACTTTAGCCTTCAATTAAATACTAGTAGTAAAAAACAAGCCTTTTTCTTATCAAAAAAGTAAAACTTTCACACCCTCTCTAATCTCAATCCCTCTGAATCACACAACACACACACCAACTCTCTTTACTTTTATTATCTCATAAAATCTCTTTATTTTTATCTCATAAAAAACTCTTCTCCCTTTCACTCTTCACTTCAGAACCCAAAAAAACACTCTCATCTCCCATACCCACTCTCATCTCCTATTAAGCAAAAAAAATCCTCTCATCTCACCACATCTTCGCCACCTGACCTCAGCCATACCCTCTTATCTCATCGATCTCCTTTCATAGCTCTGCTCTCACTGAGTCACTCTCATTGCTACCTCATCCCGTGACCTCACCACCTCTTTGATAGTTTCACTCTCATCTCACTGAGTCACTCTCATTTGTATTTTGATCTGTTAACTTGATTTCTTCCTGTTGTTTATATTGATCTTTCTTTCAGTTAATCTTCTCGCTCTTTTTTTCTTCAATTTTTCAATTAATTTTAATTAAATAATTTTTGCGATCCCGTTGCTTATCTGCGGTACTGTTGTGACACGCTAGCGATTTTATCTTTCAAAACACTTGCTACCAAGTGAACTGGTCGCAAGTTTCGTTCGTAATTTTTCGCAACCCAGTACGCACCGCCCGCTGCAGATGCTCTAAGAGCGTGAAACTTGGTTGCAGTTGCTTAATTCAATTATGGTGGACCCAATTAGAACACATCATATTTAAGAAATTGAGCATATTTTCTCTCCAACAGTGCAATCAATTAAAAACATAAAATGGGCCCCACTTGACATTTTCCAAAATAAAGAAAAAGGAAATTTCCACAATTATTTTTTAGACTTAAAACAAGGTTTTTTTTACCCCCTCCTTCTCCCCTATACCCCCATTTTACTATTAAACCCCAAGATACCCCTAATTTAAACAAAAAAACGGTTTTTTAAAAATTTCCTGAAAGAAAGGTAAATTCGGAAGCAATGTTTTTAAGATTTTCAAAAACACCTCAAAAGAGGTATTTTCGGAAGCCATTTTGCCTTTCGGAAATACCTTTTTTGAGGTGTTTCCGGAAATCTTAAAAACATTGCTTCCGAATTTACCTTTATTTCTGAAAATATTGGTCCCGCATTTACATTTGTTGGTCTGCATTTACATTGGTGTTCCTCATTTACATTGGATCTGCATTTACATTGAGGAATATTGGTTCTGCATTTAGATGAATACTGAGTAATGAAAAGCTGATTTGTATGTGAGTTGAAAAGGACAAAATTGCTGCAGCTTTTATCTATTGCTGAGTTGAAAAGCTGATTAAATCCACTTATGCATAATTGTTGCAGCATTCACGTGACACTTTTGTTGATTCCAGATTTGCAGCATATGTCACACTTTTGTTGATTCCGGCAACGCAGTGAATGCACAGTAATATAGTAGCACCAACATAAAAAAATTCCGAAAACACACATGATTAGTGTAATTCTGGAAGGTAAATTGTGTTCTGGAATTACACTAATATGAGGTAAATCCAAAAATTCCCAAAAAATGTATTCCGAATTTATCAAACATTACAGTAACTCCGAAAATCCCTTAAAAATGCGTTAAATTATAACTTTTGACGTAATTCTGAATTTTTTTTGAATTCAGGGGCAACATCGCCCGCTTTGACAAATTGGGTTGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGCGTACAAAAAAAAACCCTCAGTCAGATTTACTTTCACCTCCTCCTCTCACTTATGCTTCACGCTCACACCCTCCGCCTAACGCAACTCACCCTCTCATCTCTACTGCCGCGGCTCACCTCCATTTTTGCCGTTCATCTTATGCTTCTCTGCACTTCTCCCTCTCCTTGGTTGTTTCTCTATCTCGCCACTTAAATCGCACCACTGTACGGCGCCGATCTTTGCATCACGGCAACCCACGCTGGATTTGAACCCAACCCACACCATTCGCGTGGCAAAATCAAAATCTACCAAAAACAAAGAGCGGGATTACTCACACTTCATTTCATTCACTCATCCCCTCTGTCACTTTCACTTTGGTCACTACCGTACTCCGGCGAACAACGAGCTTAAAAA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF18122.4	APC1_C	1593	1758	7.90E-37
PF12859.10	ANAPC1	110	264	1.70E-29
PF20518.1	Apc1_MidN	520	779	4.20E-22

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0060090	molecular adaptor activity	Molecular Function
GO:0016874	ligase activity	Molecular Function
GO:0070979	protein K11-linked ubiquitination	Biological Process
GO:0031145	anaphase-promoting complex-dependent catabolic process	Biological Process
GO:0016020	membrane	Cellular Component

InterPro

InterPro term	Description
IPR011989	Armadillo-like helical
IPR046794	Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain
IPR041221	Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal
IPR024990	Anaphase-promoting complex subunit 1

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S3DZG5	_

SwissProt

SwissProt term	Description
APC1_ARATH	Anaphase-promoting complex subunit 1

KEGG

KO	Description	Enzyme
K03348	anaphase-promoting complex subunit 1

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT5G05560	E3 ubiquitin ligase, putative
Medicago sativa L.	MsG0580029211.01.T01	_
Oryza sativa L.	_	_
Cucumis sativus L.	Csa018306	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000023s00004894.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr03_49710T	_
Arachis hypogaea L.	AH17G07000.1	Anaphase-promoting complex subunit 1 like

Expression pattern