Gene detail

Detail information of Am04G000070.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am04G000070.1	homolog of RAD54

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am04G000070.1	mRNA	Chr04	425337	443060	-

Sequences

CDS:

>Am04G000070.1
ATGGGGGAAGAGGAAGTGGTGTCATGTTCTTCTGGTTCCAGCGACTACGTCGACGATGATGATGAGGATGTTGATGTTGAACAACGGAAATCGCAGAATGTGGAAGCTCTTCTCAGGGGTAACCTCATCGTGAAGAGACAATCGTTGCTACCGCGAGTTCTGTCGGTAGGTAGGAATGGAGCGATTGTTTGCAGAAAACCGTTTAAACCTCCATCCTCTGAATCCGATGCTTACAGTAATGAAGACCTTGCTCGTCGGCTCTCTGCTCGCAAAAGGTTTGTCCCGTGGGGCTCTTCTACTCCTACTCCTATACCTAGACCCCCGCTATTGGAATTGAATTTAAATGCTAATGTTGATGTCGCTGAGGAGGTGAAACCGTCCTTACCCCCTGGAGTTGATCCTCTAATACTGTGGCACCCTCAACAACACGAGCATAATGAGCCTTCTAATTCTAATTTGACAACAATAGAAGTTGACCCATTGCTTGTTCGTTGCCTTCGTCCACATCAAAGAGAAGGGGTTCAGTTTATGTTTGATTGTGTAGCAGGACTGTGCGCAACAGCCGATATACATGGATGCATTTTGGCAGATGATATGGGTTTGGGGAAGACACTGCAGTCCATCACGTTACTGTATACTCTTATCTGTCAAGGGTTCGATGGCAAGCCAATGGTTAGAAAGGCCATCATTGTCACTCCTACCAGCCTTGTCAGCAATTGGGAAGCTGAAATCAAGAAGTGGGTTGGAGAAAGAGTTCGCCTTGTTGCTCTCTGTGAAAGCACTAGAGAAGATGTCGTCTCTGGGATTAACAATTTCACAAGTCCCAAAAGCAATTTACAGGTGCTAATAGTTTCATACGAGACATTCCGAATGCATGCATCAAGGTTTAGTGCTAGTGGCTCGTGTGACCTCCTCATTTGTGATGAAGCTCACAGACTGAAAAATGATCAGACAATGACAAACCGGGCATTGGCTTCTCTCCCATGCAAACGTAGAATTTTGTTGTCAGGAACTCCTTTGCAAAATGACTTAGAAGAATTCTTTGCAATGGTTAACTTTACTAATCCTGGAATATTGGGTGATATTGCACATTTTCGACGTTACTATGAGGCACCGATAATTTGCGGAAGAGAACCTGCTGCCACTGCAGAAGAGAAGAAGCTAGGTACTGAACGCACTGCAGAATTAAGTGCAAAAGTTAACCTGTTCATATTAAGACGGACTAATGCATTACTATCAAATCACTTACCACCAAAGATAGTTGAAGTTGTTTGCTGCAAGTTGACTCCACTACAATCAGATCTATATAAACACTTTATACAATCCAAAAATGTTAAACGAGCGATTACTGAAGAACTGAAGCAATCAAAGATTTTGGCCTACATAACAGCTCTCAAAAAGTTATGCAACCATCCAAAGCTCATCTACGATACCATACGAAATGGGAGTCCTGGAACTTCGGGTTTTGAGGACTGCATTCGATTCTTCCCTCAGGAAATGTTGTCTGGAAGGTTTGGGTCATGGACAGGAGGGCATGGAGCGTGGGTTGAGCTATCTGGGAAAATGCAAGTCTTGGCAAGATTACTTGCTCATTTACGTCGAAGGACAGATGACCGCATCGTCCTTGTCTCAAACTATACTCAGACTCTTGATCTTTTCGCTCAGTTGTGTCGGGAACAAAGGTACCCTCACTTGAGGCTTGATGGCACTACATCAATCAGCAAAAGGCAAAAATTGGTCAACTGCTTTAATGACCCATCTAAGGATGAATTTGTTTTTCTCTTGAGCAGCAAGGCTGGCGGTTGTGGACTCAATCTGATTGGTGGAAATCGACTTGTCTTGTTTGATCCTGATTGGAATCCAGCAAATGATAAACAAGCTGCTGCAAGAGTGTGGAGGGATGGACAAAAGAAAAGAGTTTACATTTATAGATTTTTGAGTGCTGGAACAATAGAAGAAAAGGTCTACCAACGTCAGATGTCAAAAGAAGGGCTGCAAAAGGTCATTCAGCGGGAACAAACCGATAGTGTTGTGGCACAGGGTAACTTTCTTTCAACAGAGGATCTTCGCAATTTGTTTACTTTTCATGAGAACGTCAGGTCAGAGATTCATGAAATGATGCAATGCAGCCGGTGCCAAACATATGATGGGCCTCAAAACACTGACCTCCTGTCAGCAACGATTAATAGTGAATCTGCTGAAGAAAACTCCGATATAGGTGGATTTGCAGAAATTGCAGGCTGCTTAGGAAACTTGAAAACATCAGAAAAGCAGGTAGGGAACCCATTGGAAGAAGATTTAAGTAGTTGGGGCCATCATTTTTTCCCAACTTCTGTACCGGATGCTATCCTTCAGGCTTCAGCTGGTGATGAGGTGACTTTTGTATTTACAAACCAAGTTGACGGAAAGCTGGTACCCGTTGAGCCCATCAGTCCTAAGCTACAACAAAAGGAACCACACAAGGAATTCCTCAAACCAAAGCAGAATGTCGAGCAAAAATTCACTCGTTTTGCTTTACATGATAAACTACAACGGCGGTCTGCATCTGTTATTGCTAGTGCGTCATGCTCCTCTTCCAATGCTTGGACGAAGGAAGCACTGCATTCTGTAAGAATTACCAAAAATATCTCCATGAATGTAGCATTAAAAACTGATCACTCTCTTCCAAATGAAGTATCTCGGCAGAAAAGATCATGTCCCGCTGATACCAATAACGAGCACTCTCTTGTTAATGATGTATCACAACAGAAAAGATCATGTTTTGTTAAGGGAAATGTAATATAG

Protein:

Promoter(3k):

>AM04G000070.1
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Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF00176.26	SNF2-rel_dom	169	475	3.10E-61
PF00271.34	Helicase_C	525	634	9.80E-14
PF04851.18	ResIII	167	339	2.60E-09
PF00270.32	DEAD	193	345	5.20E-07

Gene family

Gene family	Subfamily
Transcription Factors Family	Others
Epigenetic Regulators	CHR25
Transcription Factors Family	SNF2

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0016787	hydrolase activity	Molecular Function
GO:0004674	protein serine/threonine kinase activity	Molecular Function
GO:0071480	cellular response to gamma radiation	Biological Process
GO:0071248	cellular response to metal ion	Biological Process
GO:0051701	biological process involved in interaction with host	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR038718	SNF2-like, N-terminal domain superfamily
IPR000330	SNF2, N-terminal
IPR027417	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
IPR001650	Helicase, C-terminal
IPR014001	Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain

trEMBL

trEMBL term	Description
A0AAN9PQH0	_

SwissProt

SwissProt term	Description
CHR25_ARATH	Protein CHROMATIN REMODELING 25

KEGG

KO	Description	Enzyme
K10875	DNA repair and recombination protein RAD54 and RAD54-like protein	[EC: 5.6.2.-]

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT3G19210	homolog of RAD54
Medicago sativa L.	MsG0580024039.01.T01	_
Oryza sativa L.	ChrUn.fgenesh.mRNA.85	expressed protein
Cucumis sativus L.	Csa008752	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur002455s00031746.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr04_16080T	_
Arachis hypogaea L.	AH05G13270.1	Protein CHROMATIN REMODELING 25 like

Expression pattern