Gene detail

Detail information of Am03G032110.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am03G032110.1	Pre-mRNA cleavage complex II protein family

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am03G032110.1	mRNA	Chr03	155717540	155724142	+

Sequences

CDS:

>Am03G032110.1
ATGGGTTCCTCTCCTTCACCGGAAATTTACATCCCAGAGAAATGGTCAGAGGCTGCAGAATCCATTGCACAAAGTTCACTACCTCCTATAATACTCATATGTGGAGCAAAGAACTGTGGGAAGACAACCTTCTCTCGCCATCTCCTTAATGTCCTATTGCGCACATATAAGAAAGTAGCTTATTTGGATACTGATGTTGGCCAACCTGAGTTTACTCCTCCTGGTTTTCTATCTCTAACTATTGTTCGTGAAGTAACTCCAGATTTGACGATTCCGTGCCTGAAAAAGCCAAAGAGATGCCTTTTCTTTGGTGATGTTTCTTCCAAGAGAGATCCAGCAATGTACTTAAATTACGTATTTTCCATATATGATTATTATCGAAAGACATACTCCACCTCAGTTAAGGGAGAAAATCTTCCTAGGATTGAGTTGCCTCTTATAGTGAATACTCCTGGCTGGGTGAAAGGTGTTGGTTATAACGTATTAGTGGACATGTTAAAATATATTTGTCCCACCGATGTAGTTAAGATACGTATATCCTCTGAAAATAAGAATTTACCTGCTGGAGAGTTCTGGTTAGATGGGGAATATGATGGAGCAATTAACTTGATTGAGATAAATTCAGCTCGTCAGGACTCATTTAATAGATCGGTGCTTGTTCAGAAGGATGCACGTCTCCTGCGGGATTTACGAATAATGGCCTATTTCAGGCAGTGCTTTCCTAGTGATTCAGATATTTCAACGATCAAGGAACTAGCACATTCCTTGGCCTCTCACTGTCCTTATGAAGTTCCCATTGCGTGCATAAAGATTCAACATCTTCATCACGAGGTTCCAAGCTCTGAAAAATTCTACAGTTTAAATGGTACTATTGTTGGCTTAGCAGTTGATACTGAAGGACCTGAAAAGTTACCTTGGTGTCTTGGTCTTGGGATTGTGAGGGGCATTGACACAATCAAAGGTGTGCTCTACGTGATTACGCCGGTGCGATATAGTTCTTTGGAAAAAGTCAACCTCTTCCTACAGGGTTATATCCAAATTCCTACTTGCTTATTGCAGGTCCAGGGATGCACGTCACCTTATATGTCAGCAAATGTATTGACTTCAAGCTAG

Protein:

Promoter(3k):

>AM03G032110.1
AACTTACCAAGCCATCCCATAGTGATATAGCAAAGTGTGAACCGTAAGAAGCCAAGACCGACCTGTCCTCCAGAGCGCCCGAGTACAGGTGTCTAGATGCAGTTGATGTGGAGGGCTCATCAACGAGAGCGTCAGCACAAGTTGGGGTAGCCTACTGATGATCATCACCAGTAAGATCAATGACAGGATGAGCAACATCATGCTCGATGCAGCCTTAATGTTAGTATCAACATTGTGTGTCTGGCGCAATCACCTGTCTTCTTTTTCCGGACGAAAGCAGTAGACCTTGGCCCCATAGGACGGCGACCACAGGGCTCAAGCTGGGACTGTGAATGACCACCTCTGGTCTTCGCCATACCTAAACGAGGCAACAAACCACGTTAAAATCAGCAGACAACAACTTTTTTAAAATCAGAAAAATCAAACTGGTTCGGCAATATCCAGTCGTACAGGTTCGGCTCTTATGTGAGAAACATTATATTTTCAAAAATTTTCAAAAAAATGTACGTTTGTATGCCAACGAACATGTATGGTTCCATGTTGCCGGACAATGATTTTGTAATTTTTTTAACGGGTTCGGTACCAATGTACCGAACCAATGTCAGATTTGAAAAAAAAACAACATAAATGCATAACGAGTAAGTGTGAGATGAAGAGGTTTTGGTGAGGGGTATTTTGATATTTTTGGAGTTTGGGGGTGTGTGGTGAGTAGGGGGATGTGGAATATGCATGGGCCTATACTATTTACAACACTCCCCTTAATTGAAACGTTCTCTTGGCAATCCCTTTGTTAGCACATCTGCTAGTTGATGCCCGGAAGGAATGCAGGTTGTAGTTATCAAACCACTGTCTACTTTCTCCGTGATAAAATGACAACCTATCTCTATGTGGTCTATAAGTAGCAAATGAGTACAAATAATAGACTGCATATCCAAATATCAGCATAGCAATGTAGTTTTATCCAAATCCCACATGTTCCTTTTTTTGAGACAAATATATCAGCCAAGCTGACATGAAAAAGACACCCTTGAAGGCGAGTTAGAGCGATTTGATCCTGCATCCGGATATTCTCAAATACCTGAATATATGACCCCCCCTACACCGCATTCCTTCCTTAATAATATATGTTTAGCCTCATAATACTTTTAATATATATATTTTTTAAAATTTGAAAACTTAAAACTAACAACCAGCCTTCTTAGGGACGTTTCTAAGATTTTGATTTTTTGTAGTAAATTTTGTTTTTTGTTATCTGTTTCAAAAATTAAATTAAAAAATTAAAATCTATTTGAGTAAAATGGGGTTAAATTTACAAAATTTAATTTTAAAATAGTTTTTAGCTAAAACCTAAAAACCACGAAAATAGTATTTCATTTAGGCTTAAATATATGTTCAGCCCCTGCAAATATAGCCAAAATCCAGTTAAGCCCTTGTAAAAATAAAAGTTTTAAAATGACCCTTGTAAATATTAAATGTTTGCGGTTAAGCCCCTCGATCAATTTTCCATATTTGCAGAGGGTAAAAATATATGTTCAGCCCCTGCAAATATGGCCATAATCCATTTAAGCCCCTGTAAATATTAAAAATTCTAAAATGTTCATCCCCTGCAAATATGGCCATAAACCATTTAAATATTAACAATTTTAAAATGACCCTTATAAATATTATATGTTCAGCTTTTTTTGATGAAAAATTGACAGAGGGGCTTAACCGCAAACATTTAATATTTACAAGGGTAATTTTAAAACTTTTATTTTTACAGGGGCTTAACTGGATTTTGGCTATATTTGCAGGGGCTGAACATATATTTAAGCCTTTCATTTATTCCTAATCTTTGGTATGTTTGGCTTGTTACAATTAATTTGATTTAACGACGTACTAAAATATCTTTCTTGTAGTTATCTTGAGATAATTGAAATCAAAATAAAAGTTACTAGTTATCTTTATTCACTAAAAAACTTAATAAAATAAAAGATATATTTGAAAAAGTTTAAGGAATTGTAAATTAAACTTTTAAAATATTCCTTAAACTTTTTCAAATATAACTTTTTCAAATATATCTTTTATTTTATTAAATTAAACTTTTAAAATATTCCTTAAACTTAATAAAATAAAAGATATATTTGAAAAAGATATCTTTGTCCTTTAAAGTTTCAAAGTTTACACTAAACACGTTCTCTCCTTGGTTGGGCTCACAAACGGGACGCTCTGTTTGGTTTCGGTGCTCCTTCCACCGCCGTCACCACTCGCGTTCTGTCTGCAACCGCCGCCGTCAAGCCACCGCACCGGAGGGTTTGCATCCTTGACTTTCGCTGCTTCAGGTGATTTTTTCCTACTATGCTACTATAGTTTTCAGATTTTAAAATTCGCTGATTTTTTTCACAGTTTTATATCTCATTGGTGTCTCACTCTCTTTGATTTTTGCTTGCTTTTGCATTTGATATGAGGGATGCGTAGCTAATGGAGCTCATGGTCTCTAATCAGTGTTTTTAGTTTTTCTTTTATTCTTCGGAATTTTACTTGTTCATCTGAGAAGTCTAGTTATGCGTTGATTTGCAAAAAAGTGTGCTCCTAGGGTTTTGTAGAGCAAGTTGTCTCTACAAATATTTAGTTATTTGTTTTTGGAGCTTTACAAATGAAACGTGTATGGTAATGTTTTCATGATTCCTAGAAATTGCGTTAACATGTGTTGGTCTTAAAAATCCAAAATCTAACCTAGCTGTGGTTATGCACTGCCTATGCTAATCAGCATATAATTTATTGATACTTTGAACATATGAATGTCAATGAGGGAAATGGAGGATTTACTAAAATGGTTTTAGGAACCGAACCGAACCACAACTTTGGTCCAATTTGGTTTAGTTTATGCACCATGCACACCCCTAATTGTGTGCACACTGCACACAACACCGTACTTTTTACAAATTTACATGAATTTGTGACTAAAGAGCTGATTAAACAAGAATAGTTTCTTTCAATTTCACAGAGAAAGTGAGAGCG

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF16575.8	CLP1_P	35	237	5.60E-35

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0051731	polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity	Molecular Function
GO:0000448	cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)	Biological Process
GO:0005634	nucleus	Cellular Component
GO:0005524	ATP binding	Molecular Function
GO:0016787	hydrolase activity	Molecular Function

InterPro

InterPro term	Description
IPR045116	Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3
IPR032319	Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain
IPR027417	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

trEMBL

trEMBL term	Description
A0AAN9KHJ2	_

SwissProt

SwissProt term	Description
NOL9_ARATH	Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9

KEGG

KO	Description	Enzyme
K06947	polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase GRC3/NOL9	[EC: 2.7.1.-]

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT5G11010	Pre-mRNA cleavage complex II protein family
Medicago sativa L.	MsG0480022929.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os01g08850.1	expressed protein
Cucumis sativus L.	Csa003750	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000630s00024943.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr02_18530T	_
Arachis hypogaea L.	AH05G32000.1	Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9 like

Expression pattern