Gene detail

Detail information of Am03G005050.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am03G005050.1	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am03G005050.1	mRNA	Chr03	13041897	13062942	-

Sequences

CDS:

>Am03G005050.1
ATGGAAACTGACGAGTCATGTAGAGTGCTCCCCTTTCAGCTTCAATTTGATAAACCCCTCGCTTCTCAGATTAAAATCGCGGAGTGGAATCCTGAGAAGGACTTGCTCGCTATGGTTACAGACGACTCTAAGATCTTGCTCCATCGTTTCAATTGGCAACGCTTGTGGACCATAACTCCAGGAAGATGCGTAACGTCCTTGTGTTGGCGTTCTGATGGCAAGGCAATTGCTGTTGGGCTTGATGATGGAACATTGTCACTGTATGATGTTGAAGTGATGGAAATGTTCCTGTTAAACGTTTCTTTTTTCATTTTTAATGGAAAGTTGTTAAGAAGCTTAAAATCACATTGTGCTGCCATCATACGTCTCAACTGGGAGGAGGACAGTCAACTAATTACAGATGACTATGGTCACACATCAAAGTATGAAGATAGAACCTCCCGTTTCTTTCCTCCTTCTCCAAGGGTTCCTCGGATGCCTGGATTGGTATCTGGGGATAATGGCTTAATGGAGGATGGTGAAGGTTCATTTCAAGAGCTGTCAAATTCTTCTCACCAACGATTCAACGTCCTATGCAGTGGAGACAAAGATGGGAATATATGTTTTAGTATATTTGGCATCTTCCCTATAGGGAAAATTAACATACACAACCTTACCTTTCCTACTTATAGTGATGGTGCAGAAAGAACTAAAAGACTTCTGAATGCTTCTATACACAAGGTTGCTTTATCAAAAGATCTGTGTCGTTTGATAGTCATGTGCTCAGGAGATCTTGTTGAAGTTGTTGATGACTTGGGAGAAATTCACATGGCTGGGCATAACGAACATGGCCTGCATTGCTTAGCACTGAACACGGCTATATTTTGGAATAGGAAAAACGAGCTCCATCAAGTAGCTCAACAAGCTTCTAGCATTGAGGATTTGACTGAGGTTGTTCGGGAATCACTATCAGTCATGTCTAGGCTGTGGTCTGATGCCATGCACACATTTCAGGAGAAGTTCAGCTCTTTGCCTACTCTGATTATGGATCACGGACTTGATTCCTCTCCTCAAGAGGAGTTTCTGAGCCTTTTGGGCGGTGCAAGGACTAGTCCACCAATTCATCAATTTCTTGTCAACACCCTTGGTGAAGTGGGTGTCAAGCGCATTTCAAAGGTTCTCTGCAGTGCTGGCAAAGAACTTCAACGTATTGTCTTGGATCACCTCCAGCCCGCTGCAGAAGTTATTGGATTCAGAATGGGAGAACTTAGAGGGCTTTCAAGATGGCGTGCACGATATCGTGGCGTTGGCTTGGATGAGTTACTCGTTAGCAATGCAGCAGAAAAGGCTGGTATGCTACTTGTACAAGTTGAACGATTTATGAGGGTTCTTTCATCTGTTGTGCAGCAGTATTCAAACTTCTTCAACTGGCTATTAAAGTGTATAAAATTACTCATGTCAGAGCCAAGTGACCAGCTTCTACCATATAACAGTGAGCTTGTTATTATATTTCTGAAGTTTCTATATGAACAAGATCCGGTTAAACAACTGCTGGAAATATCAGAATTAGATCATGCTGTTGAAATTGATTTGGAGACAGCGGAAAGAGTTAGAGAATTAGTTCAGTTTGGTGGATTTTCCGACACTGATTATCTAAGGAGAACACTGGCTAAAGAATTTCAGCAAATGGAATTAAGCTTTAAAAAGGCCTTTCAAATGCCTTTTACTACAATTTCAAGAAATATACTTTGTGAGGATTTATTACCACTGTTTCCTCTTCCATCACCACCAAAGGCTTCATCACCGATGAGAATTCCCACTTCAGTATCATATTATGAGGATTCCTCTGGAGGTTCTTTGTCACATTCTACGGGTCAAAATCAAGTTATCGATTACATATCTTTTCAAGTACCTGATGAGTCTTTCTCAGATATTGTAAATTGCGTCTGCATTGTCAGAGGATTTATGCACGACTCAGACTGTCTAAAGAAGGGGTCTAGTTCTTTGGAAGCTGTGCTGTTATGTGTTCCCGTTGATTACCAGTGTGTGGATCTGTCTTTGTATAAGGATAGTCAAGTTGTCTTGCTACTGAACAAAGCTACTAATACGTCAGAAAGTGCTGGAGATGGTTGTCTGATGATTCTGCAAGCAAGTGATCTCCCATATGTCTCTATATCAAGGTCTGCATATATAGATATCTGGAGTTTACAAAAACTGAAGGATTATGTCACTTACCCAAACATAGGGGATGAGAAAGCTCGCGCCATCCCTCATTGTGTAATTGCTCCCTTGGCCGTTAGTGCTTCAAGAGGCGTGGCGTGTGTATTTGCTGCCAGAAAGCGTGCCCTGGTCTACATTTTAGAGGAAGATGAAGACGAGGTCTCAGATGCCGAATAA

Protein:

Promoter(3k):

>AM03G005050.1
TCTACTTTTACATGTTGAAGCTACAATAACCGGTTATTTCTTAATCCCTCGTTTCCCTTTTATACCAATTTTTTTTGGCGTAGTTATAATTTTTTTTTCAATGTACAGACAGTACAGTAATTACTAAAAATTCTTTTTATACTTCTATTTAATGTAAGATGTAGGTTTACTAAAATGTCTTTAATTGATTCCTCATCCTTTTGATAGAAGTTGATCCTCATCTTAAAAGCCAGCTAAAATTATACTTAACATAAGACTAAAATTTATCATATTTATTACGCCATTTGTTCCGAGAGATTTTTGCAATTTGTTGTATTATTTTTTATAAGCTAATCTGTTGTATTCTTTTTTGCTTAATGTAATTTCTTTTTTGACTAAAATGTCTTTAATTGAACCAAAATTTGTCGCGCCCTCTCGATCATTACAAAATTGCTCTCATTGACCGATCACCACTGTTGTGCCGTGGAGGTACTCAGGAGGTGTCGTCCCCCGGAAACACAAAATGCTGCTTACTGTGAACATAGTTCCGTTGTACTCGAACGAAACTCTCTAAAACTCTTCAAACGAACTCATCACTCATAGAGAGAGCTGAGCCAGGCAAACACTGACGCCTAGTAGAGAGATCTGCACAGTCAGGGCCAGCCATTAACCAGGGCTGCCTGTGCTAGTGCACAGGGCCCAGCCCAAACCAAAATTTTAGGCTCCAAGCTCACTTGGTTTTTTTTTGTACCCCCATCACATCCCTATCTACCCCCATCAACCCTGCGAAAAAGACGCAATCGCCCTTCACAAAATTTAAAAAACCCGAACGTATCCTGATTTCAATTTTTTTTTGGAAATTGGATTTAAGTAAATCCGATTTCCACTAAAAATTTTAAAAAATTAAAATCGCATTTATTTAAGATGGGGTAGATCCGCTTTTAAAAATAACAAAGCAGATTTACCTTAAGTGGGGGTAAATCCGATTTGTTATTTTTAAAAGCGGATCTACCCCCATATAAGGTAAACCCGCTTTTAAAAATAACAAAATCGGATTTACCTTAAGTGGAGGTAAATCCGCTTTGTTAACCTAATTAATAAATAAATAAATCAGTTAAAAATTTAGATACGAATTTCGACTGTCTTTTGGTTCTGTTTAGTGTGTAGTTCGTTAACACGTGACGATGTTGTACGTCGAGGGAATAATTTAGGCTAAAAAATCAGTTTTTGGGCAACTTACTCACATTGTAATGAAACCATAGCTATTAAATCCGAAAAAAATCAAGGATCAAGCCTCCTCAAGAAGAAACTTCTTTTAGGATAGGGGACCTCAAAATCCCAAATTCCATCGTTTACTAGTTTTTATTAATTTTTTTAATTTTTCATAATCTCCAAAAAATCTGAAAAAATTTGCATTACCTTATTTTGGTTTATTAGATTTTTAGTGGTATTTTTATAATTTTTGTATTAGTTTTGATTGTTTAACGGATTTTTAGTAGCATTTTTATAACCTTTTTTAAAAATTTAAATAAAAAACAATTTTTTTAATAACAAAATCGGATTTACCTTAGGTGGGATAAATCCGATTTTCTTTTTTTAGGGAAATCAGATTTACCTTAGGTGGGATAAATCCGATTTTCTTTTTTTTAGGGAAATCAGATTTATGTACCCACTAGGTAAATCCGATTTCCAAAATAACAAAGCAGATTTACCCCATCTGAGGTAAATCCGCTTTGTTATTTTTGAAATCGGATTTACCTATTGGTTACCCCCATCTGAGGTAAATCCGACTTTAAAAATAACAAAATGGATTTACCTTAGATGGGGTAAATCCGAGCGAATTGCTAGTTGGGCAGGGGTATTTTCGGGTTTTAACAATTTGATGGGTACCAAAAAAAACAGCACTTTTCTCTCTCCCCGTTGTTCTCACATTCCCTCCCCCGTTCCTCTTCTCTGTTCCTTCAAGCTCTGTTACCTCCAAGCTCTCAAGCTATCCTCCTCCTTCCCTCCCGCGCGAGCTCCCCTACAGTCGCGCTGGCAGCTTCTGTTCGTGACGTCAGGAGCTTTGCGGAATCACGTTCCTTCCTTACTTACGTTCGTACTTCGCCGCCGTTCGTTCGCCACCTCTGCCAGTGAAGCTTTCGGTGACCGCCTCTTCTCTCGGTCTTTTCGACGCCTCTGCCATTGTTGGTGGCTTTAAGGTTAGAAATTGATTCTATTCAATCTGTTGTGAATTTGTGATTCTCTCAAAACCCTAAATCCCTAATCTGTTATTTGTAAACATGTTGTTAAAGTTGATTCTGTTGAATCTGGTCATAAATATTCTGTTCAAATTAGTCAAATTAGTTGAACCGGTTGAATCCCAAATGTTGATTATGTTCAAGTGGCCAAATTAGTTGTGATTTGTGAACTTGTTTGATTCTTTTTTTTCTCGATAAGCAACTTGTTTGATTCTGTTCATTCTCAGCTACTCCACTAGGCATCTTGGGCTACATCAGATTGGGATTTATAAAATTGGGATGGAACTTGAGCACATGAGTGGTCTATCTCTATTCCATGTTTTGTATAATGGTTTATTTACTCCTCCTCTTTGTGTAGTTTTAGAGGTTAGTTTTAGTTTGTTTTGTAAGTATTGTAGTTTTTTTTGCTGTGTCTGTTAGTTGTATAGTTTTTGATGCGTTTGATTTAGATTGTGGTTCTGTTGGTCTTGTAGTTTTGTTCTGGTTTTTCTTTTCCTATCGTGTCGTTTTCAGGTCTAGTTTAATAATTTATTATTGTGATGAGATATTATCTCCCATCGTTTCATCGTTTCAGGTCTAGTTTAATAATTCATTCATTCCATCGTTTCATTGTTTTATCTCCCATTTTGCAATTCTTAATTCTCTGGCTCACCACCTTCACTGCAATATTGCTTAGGGTTTTATTTCACCAACGCCATTTGCTCTTTGCACACATCAATTAAGCCGAATCGCTTCACATTTTGAATTTTCTGAACAAGCTCAGTGTCATTCAGCGTTAGAC

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF12896.10	ANAPC4	279	481	5.40E-57
PF12894.10	ANAPC4_WD40	28	95	1.40E-21

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0051301	cell division	Biological Process
GO:0034399	nuclear periphery	Cellular Component
GO:0070979	protein K11-linked ubiquitination	Biological Process
GO:0048481	plant ovule development	Biological Process
GO:0009793	embryo development ending in seed dormancy	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR036322	WD40-repeat-containing domain superfamily
IPR015943	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
IPR001680	WD40 repeat
IPR024977	Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain
IPR024790	Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain
IPR024789	Anaphase-promoting complex subunit 4

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2YHQ8	_

SwissProt

SwissProt term	Description
APC4_ARATH	Anaphase-promoting complex subunit 4

KEGG

KO	Description	Enzyme
K03351	anaphase-promoting complex subunit 4

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT4G21530	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein
Medicago sativa L.	MsG0080048651.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os02g54490.1	nucleotide binding protein, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa018986	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000044s00005151.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr03_24570T	_
Arachis hypogaea L.	AH03G36070.1	Anaphase-promoting complex subunit 4 like

Expression pattern