Gene detail

Detail information of Am03G002850.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am03G002850.1	regulatory particle triple-A ATPase 4A

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am03G002850.1	mRNA	Chr03	7289089	7293327	+

Sequences

CDS:

>Am03G002850.1
ATGACCGATACAGAAGATGCCGTACGACGCCGTAATGCTGTGGCGGAGTATCGTAAAAAACTTCTGCAGCACAAGGAGTTGGAGTCCAGGGTTCGATCCGTGAGGGAGAACTTGCGAGCCTCTAAGAAAGAGTTCAACAAAACAGAAGATGATTTGAAGTCTCTTCAAAGTGTTGGGCAGATAATTGGCGAAGTTCTCAGGCCTCTTGACAATGAACGCTTGATTGTTAAAGCAAGCAGTGGTCCTAGGTATGTAGTTGGCTGCCGCAGTAAAGTTGATAAGGAAAAACTAACTTCCGGGACTAGAGTGGTTCTTGATATGACAACACTCACTATAATGCGTGCTCTTCCTCGTGAAGTTGATCCAGTTGTTTACAATATGCTGCATGAAGATCCTGGTAATATCAGCTACTCTGCTGTTGGTGGTTTATCTGATCAGATCAGGGAGTTAAGGGAATCTATTGAATTGCCTCTTATGAATCCTGAGCTCTTTCTTCGAGTTGGTATTAAACCTCCCAAGGGTGTTCTCCTTTATGGGCCTCCCGGCACCGGTAAAACATTGTTAGCTAGGGCTATTGCCAGTAATATTGATGCTAACTTCCTAAAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATTGATAAGTACATTGGAGAAAGTGCCAGGTTAATAAGAGAGATGTTTGGGTATGCACGTGATCACCAGCCCTGCATCATCTTTATGGATGAGATCGATGCCATTGGTGGTCGTCGTTTCAGTGAGGGAACAAGTGCGGATCGTGAGATTCAGAGAACACTCATGGAGCTCCTTAACCAACTTGATGGGTTTGATCAACTTGGGAAGGTTAAAATGATAATGGCGACAAACCGACCTGATGTACTTGACCCTGCTCTCCTACGTCCTGGAAGATTGGATCGAAAAATAGAAATTCCATTGCCAAATGAACAATCAAGGATGGAAATTCTTAAGATTCACGCTGCTGGCATTGCTAAGCATGGTGAAATAGACTATGAAGCTGTTGTGAAGCTTGCAGAGGGGTTTAACGGGGCTGATCTCCGAAATGTGTGCACGGAAGCTGGAATGTCAGCAATTCGTGCAGAGCGTGATTATGTGATCCATGAAGATTTTATGAAGGCTGTTAGGAAACTGAATGAGGCAAAGAAACTTGAATCCAGTGCACACTACAATGCCGATTTTGGAAAAGACTAG

Protein:

Promoter(3k):

>AM03G002850.1
GATAATAACTTTAAATTAAATCAACATTTCTACTAAACAAACTTTAAAGTGTCATTCTAAAATTATTTGAGGGGATTTTTAAAACCTCCACAAAAAAATTCATGCTAATTGATATAATTTTCGTGTCCCAACTATGTCCCTGTATATGCCAATTTTAATGTTATAAAACTAAAATCTATATATGCCAATTTTAATGTTATAAAACAAAAATTCAAAGACTCTATTGAAGCTATGCTGAATTTTTCAATAAAAGTTATGAAGTTATACATATGCAACTTCTCAAACTTCCACCATTGAAATTATGCAGAATTTATAAATGCCAAGTGCATCCAAGACACGGTTCTAAGTGCATCTAATTATAGTTGAAATCAGAATTTAATGGTATTGAGAAATCGCAAAAAGCAAAACTCCCACAATAGGATGAAGCGGACCTAACGTGGCTCATCATAAAACTTGCGCAACGAAATTGAATTTGGTGGTTCTAGTTTGCTCTTGCAGAATCAAGTTGGAGCTTGAAAATGAGGGTTAGGGCTCAAATGGGGAAGAAGATGAAGTTAATTAAACTCATTCATGAGGGACCAAATTGTCCTAAAGTTAGAAATATAGGGGACTTAGTTGGGCCTCTTAAAATTTGACTCACTTAAATGACAACATGAACGACTCTAATAGACACATTAACAAACTAACAAGATATGTTAAAAGATAAGGGATAGTGAGTTTAAGTACTCCCCACTAACAATTCTTACCGTTAACATTTTGCATATAAAAAGGGCTACTTAAGTTATATAAACTACTAAAAAATGTTATAAGCTACTTTGAATTCATTGTAAGCTAGATATATCTACTAGTCAAATCTATTATAAATTAGCTAATAAAACTTACCACACAAACTCTTATTACTTCTTAACAAATATTAAAGATAGCGAATAAGATGATAGCATTATTACAACTTATAATCAATAAGAGTTAGTTCTAGCGGGTAATTGGGTTTGATTCCTAACCAATTCCCAAGTTTGAGTGTTGGGTGAGACAAAAAAACTCTATTTGAAGGGATAACCACACTGACCGATAAAACCGGATCCACGTAGTGAGCTAAATTTTTCGGCGAAAATTAATCATCGGCAAAGCCGGTGAATACTTTAGATCAATAACACAGTAACAAAAATCACATCTTAAAAGAATTTAAAAATCCACTAATCGTGTAAGACTTTTTTTATACAAAAATTCAATTAGATTTCATCTAGGGGTGTCAAAGTGATACATTTGTCTACTGGATATCCGGTCCGTCCATAGCAAAATCCATCCAATCCATCCGTTACAAACAAAAAAATAATAATGGATTGGATTGGATCCATCCACTTGATTTGTGGATGGTTGTGATCCATCCATTAATTTTTTTAAATCCAATGGATTATCAATAAGTAGAAGATCAAAATCAAATGGATAATTATTTTTTTTTGACAAAATTCAATTGGATAATTATAAAAAATACATTTTTACAAAAAACTATTTCTAAAAACAATTTTCAGTTTTTTTTAAAAGGACTTTTCAATTTTAAAATTTTTTTTTTAAAATTCAGAAAAAAAATATATATTATATATTTTTTGACAATATAATATATATATAATATTATAAATAGCACCACCATGACTGGTGGCCGGCCGCCGGAGAGCCGCCGTATCACCGCCGCCGACCACCACCGGTCGCCGGAGCGCCGCCGCGTAGACCACCGTGGGCCGCCGGAGCTCCGCCATCGGCCGCCGTGCCGGCCGCCGGAGCTCCGCCACGGCCGCCGCTTCCACCACCACCTCATATATAAATATATATTTATATTATATATAATATATATTTATATTTTAACAATATTATATATAAATATATATTTTTAAATATAATTTTTTTTTTGTCAAAAAAAAGTAATTTTTTTTTGCTGCAACATTAAAAAAAAAAAAATTTTCATAAAAAGATTTTTTTATTAAAAGATTTTTTTATTTTTTAAAGGTATTAGTGGATGGATCGGATATCCATCCATAAAAAAGTTGTTAATGGATGAATTGGATGGACTTTTTTTGTCTATGGATGAATTGGATTGGATTTGTTTGATACAATCCTAATGGATATAAATTTTTTAATGGATTTCTCCAATCCATCCATTATAATCCATATCTATATCCATCCATTTTGACACCCCTAATTTCATCTTCATGCTGGTTTGCTAATTTACTTATTAACATTTCCCAACAAACATCTATTTATGAAATTTAATTAGACAACTTCTTAATAAAATTTTACACATCATTGTATAGTCTTTAAATTTCTTTTTTTTGAAGATAGCCTTTAAATTTCTTATTTATTATTAAGCCCTTACAATCTTCTTAAAATACACGCTGATATTAATATCAACAAAATCGAATTTAATATGATGTACATGTTTTTTGACAAGAGATGTGCATGTTAAAATCAGTCAATTAAATCATAAAAAGTTTATAAAAAAAATTATATAACCGATCTCAATTTTTAACTTGGTGGGAATGACATTAATAATAGATGTCCATTTATGTCATTATATTTACGGGCTATTTCAACCTTTACCGATTACTTTAAATTCAATATCACTTTAAGATTCAATATGTAGCTTAATCGCTATAAGTTAGCTTATTCTATTCACTATTTTTTTTCAAACTGATCTAAAATTAAATTTAATATCACTATTCAATATGTAGCTTAATCGCTATAAGTTAGCTTATTCTATTCACTATTTTTTTTTCAAACTGATCCAAAATATGTAGGGCTAGCAGTGAATAATTCGGTTTTACACTTTTTACTTATCACAAAAAAAAGAGGCGAATAATTCGGCACACACAGAACAGAACAGAACGGCTTTAAGATTTCGTAGTCACAAAGTAAACCACTCTATTCTACTCCTCTCAGCGACTTACCCTAACCTCACCCCATCTCACCTCACCCCTTACATTTTTCCGATTTCGGAGCAACGTAACG

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF00004.32	AAA	175	308	2.60E-42
PF16450.8	Prot_ATP_ID_OB	62	117	4.10E-11
PF17862.4	AAA_lid_3	331	373	1.40E-10
PF05496.15	RuvB_N	174	241	3.10E-06

Gene family

Gene family	Subfamily
Epigenetic Regulators	PATPA1

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0005524	ATP binding	Molecular Function
GO:0005634	nucleus	Cellular Component
GO:0043161	proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process	Biological Process
GO:0008233	peptidase activity	Molecular Function
GO:0036503	ERAD pathway	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR032501	Proteasomal ATPase OB C-terminal domain
IPR027417	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
IPR012340	Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR003959	ATPase, AAA-type, core
IPR003960	ATPase, AAA-type, conserved site
IPR003593	AAA+ ATPase domain
IPR041569	AAA ATPase, AAA+ lid domain
IPR005937	26S proteasome regulatory subunit P45-like

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2Y8C8	_

SwissProt

SwissProt term	Description
PS10A_ARATH	26S proteasome regulatory subunit 10B homolog A

KEGG

KO	Description	Enzyme
K03064	26S proteasome regulatory subunit T4

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT5G43010	regulatory particle triple-A ATPase 4A
Medicago sativa L.	MsG0380017800.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os02g10640.1	26S protease regulatory subunit, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa003929	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000108s00010449.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr04_52390T	_
Arachis hypogaea L.	AH17G24900.1	26S protease regulatory subunit S10B homolog B like

Expression pattern