Gene detail

Detail information of Am02G038440.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am02G038440.1	kow domain-containing transcription factor 1

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am02G038440.1	mRNA	Chr02	196605244	196612650	+

Sequences

CDS:

>Am02G038440.1
ATGAAGGGCAAGGGAAAAGGTAAACAGATCGCCGGAAAAGCTCCCGTCGACAAGAACAAGCGCGGCTTTGACGACGACAAGACAGGCGGTGGCCGAAAGAGGAAGAACCCCGGAGTTATACAGTTCTTCGAAGACGAAGCCGATGATTTTGACGATAGTGACGACAGCGAGGACAGTGATTTCAGCGATGATTCTTTTGAAGATGAGTTTGAAACGTTGTCAACAACGAGGAACGAATCCTCAAAGGGCCAGAGCAGCCTTCCATTTATGCCCAAAGTGGAACTGGTGGATGAAGAAGAATATGATAGAATGATGGAGGAACGCTTTAAGGATGGTTCTAGGTTTTTCCCCTTTACTGGAGATGACTTTGATGACAAACCAATGGAGCCAAATTCTTTCCATCCTGCTGCTAGGGAACCAACCCCAACAATCTGGAAAGTCAAATGCACTGTTGGGCGTGAGAGGCTTTCGGCTTTCTGTCTGATGCAGAAGTTTGTTCACCTGAAATCACTGGGAACTAACTTGCAGATAATATCTGCATTTGCTGTGGATCATATGAAAGGTTTTGTATACATCGAAGCTGAAAAACAGTGTGAGATAAACGAGGCATGTCAAGGGATCTCTGGTATCTATGTTACCCGGGTGCAACCTGTTCCAAAAAGTGAGGTTTTTCATCTGTTCTCTTTTAGAAGTAGAAACCCTGAAATTTCTGTGGGCATGTGGGCACGCATAAAAAGTGGTAATTACAAGGGGGATTTAGGACAGGTCATGGCTGTGAATGATACACGTACAAAAGTTACAGTGAAGCTTATTCCAAGAATTGATCTACAAGCTCTGGCTGCCAAATTTGGTGGAGGATATAGTCGCCAAAAAATTGCTGTATCAGCACCAAGATTAATCAGCTCAAGTGAACTTGAGGAGTTCAGACCTCTGATCCAAATCAAACGCGATCGGGATACTGGCAAGGTTTTTGAGGTTCTAGATGGCATGATGCTCAAGGATGGATATGTATACAAGAAAGTATCTCCAGATTCATTAAGTTTATGGGGTGTTGTGCCAACTGAAGAAGAGCAATTGAAGTTTGGGCATTCTGAAAACAATGAATCAAATGATTTGGAGTGGCTTTCTCAGATTTATGGTGACAAGAAGAAAAAACGGGTCATAAGAGCTGAAAAGGGTGATGGAAAAGGAGAGAGCTCATCGGGCTCTGGTGTGGTAAATGGTTTTGAATTATATGATCTTGTGTGTTTTCGCCAAAAGGAATTTGGTGTGATTATAGGCATGGATAAAGATGACACTTACAAGATTCTAAAAGAGAGTTCAGAAGGACCTGTTGCTGTAACTGTTGAAAAACGCCAAATAAAGAGTGCTTTATTGGATCTAAAACTCAGTGCCCGAGACCACCATGGCAAGACTGTATTGGTCGAGGACCATGTCAGGATTGTAAAGGGTCCATCTGAGGGCAAACAAGGCATTGTTAGGCATATCTATCGAGGGATTGTCTTTCTATATGATGGAAGTGAGGAAGAAAATGGTGGTTATTTCACAGCCAAAGCCAATATGTGTGAGAAAATCAAGCTTGCTATTGGTGGTGGAAAGGATAGTGAACCGGGTCCTTTAGTCTTTGATGACCAACCATCATCACCAAGGTCCCCTCTTTCACCAGAAAAGCCTTGGCAAGCTAGAGAAAATAATCGTGAATTTAACAATGGGGACAAAGATGGCTTGTTTACTATTGGTCAGACCTTGAGAATTAGGATAGGTCCATTGAAGGGGTACCTCTGCCGTGTCACTGGCATACGTCGCTCTGATGTTACTGTGAAACTAGATTCTCAGCAAAAGTTTCTTACAGTTAAATGTGAGCACCTTTCTGAGGTTCAAGGGAAGAGTACAGCCATGCCAACAAGCGGTGATCCTGATTCAAGTTTATCGAAGCCATTTGATTTTCTGGGCACCGAAGGCAGTTCTGGAGGTTGGATGGATGTTGCGGGTACCTCCACTGGGGGCGGTGGATGGAATGTTGGGGGTGGTGGTCCATCCACTGGGGGTGCTGGATGGAATGTTGGAGGAACGGCAGCTGAAACTACTGAGGGTGGTGGATGGAATGCCGGTGGTGGTGGTGGTGGCACGACCACTGAGGGTGGTGGATGGAATGCTGCCGCCGCCGGTGGGGGTGGCACGTCCACTGGGGGTCGGGAATGGAATGCTGGGGGTGGTGGTTCATCCACTGGGGATGGTGCATGGAATGCTGGAGGAACGTCAACGGAAACTGCTGGGGGTGGTGGATGGAAGACTGGAGGAACATCAGCTGAAACCACTGAGGGTGGTGGATGGAACGCTGGGGGTGGTGGTCAGTCCACTGGGGGTAATGGATGGAATGTTGGAGGAAAGACAACTGAAACCACTGAAGCTGGTGGATGGAATGTTGGAGGTGGCGGTACTTCCACTGGGGGTGGTGGATGGAAGACTGGAGGAACGTCAGCTGAAACCACTGAGAGTGGTGGATGGACCGCTGGGGGTCGTGGCAAGTCCACTGGGGGTAATGGATGGAATGTTGAAGGGAAGTCAACTGAAACCACTGAGAGTGGTGGATGGACTGCTGGGGGTGGTGGCAAGTCCACTGGGGGTAATGGATGGAATGTTGGAGGGAAGTCAACTGAAACCACTGAGAGTGGTGGATGGAATGTTGGAGGTAGCGGTACGTCCACTGGGGGTGGTGGATGGAAGACTGGAGGAACGTCAGCTGAAACCACTGAGGGTGGTGGATGGAATGCTGGAGGGATGCCAGCTGAAAGGGGTGCGCTGTCTAACCATTCTGCTCCAAGTTGCTTGATGCCAGAGTCCACCTCAAATCCCTTCAGTTCCAAGGGTAATGATCCTGTTAGTTGCCCCACTGTTACAGGTACAGAAGATACTGCCTGGGATACTAAAAATACGTCAACGCAGAAGTCCTCTTGGGGTGCTGCAGTGGAGAACAATGTGATCACATCTGATCCAGATCAATCTGGTGGCTGGGGATCAATTACTGGTTTGAAAAGTGGATCGAGTGAGGGAGCCAAAGAAGATTCTAATTGGGGTAAGATGAAATCTGGTTCAATTACCATGCCAGAAATCCCGGATTCTGAAGGGGAGAAAGGTGGTAACTGGAACTCTCTATCTGACAATGCTGGTGTCAATCAAGGTGATGGTTGGGCTAAGAAGAGCAATTGGAAGTCTGGATCTACAAATGACTCGATTGCAAAGAAATCCGATTCACTGAGTTGGGGTGAAGGCACTCTGAAGAATGAGAACCAGAATTCTGACTGGAGTTCTGTAGGTCCTTCTGTGGCAACTCCAGATACTGACTGGGGCAAGAAAACTGAATGGAACTCTGGAAATGGTGGAAGCCAGGCCTCTGAAGTAAACAAGAGTAACTGGAATTCTGGTTCGGGTGATTCTAATCAAACATCTAGCTGGGGAAAGAATAGTAACTGGAACTCAAACAATTCCTCTGGGAGTGCGTGGAATGAAAACAAGAATTCCAACTGGAGCTCTGGCAACCCTGATCCCCAAACTCAAGACTCAGCTTGGGGCAAGAAAAGCAATTGGAATTCCGGATCTGGTGGTGCAAATGAAAGCACCAATTGGAAAAGCAATGGCAATTGGAGCACTGGAAGTGGTGATAGTTTGGGTGGTGTCAATGATGGTTTAAATGAAACTTCTGAAGATGGTGGTGGGGGCCGGAGGGGTGGTTACCGTGGTAGAGGGGGCACTGACAGAGGTGGCTTTAGAGGTAGAGGTTTTCGGGGTGGAGGCTTTGGTGGCCGAGGGGAACGTGGGGGAGGCTTTGGTGGCCGAGGGGAACGTGGTGGCTTTGGTGGCCGAGGTAGATCAGATAGGGAGGGTTTTGATGGTAGATGGGGATCAAACGGAGGATTTGGAGGCCGTGGCAGCGGAAGGGTTGACCAATCTGGTGAGGATGGGTCCTTTGACGGGAAGAAGGGTGGGTGGAACAAGGGAGCTAGTTCAAATACTACTTCTTGGGGTCAATCAAATGCTGCAGATAAAGGCCAATCATCTAGCTGGAATGATTCAGCAGATGGATCATGGGGCAAGAAAAATGATGCAAGTGACAAAGGTGGGTGGTAA

Protein:

>Am02G038440.1
MKGKGKGKQIAGKAPVDKNKRGFDDDKTGGGRKRKNPGVIQFFEDEADDFDDSDDSEDSDFSDDSFEDEFETLSTTRNESSKGQSSLPFMPKVELVDEEEYDRMMEERFKDGSRFFPFTGDDFDDKPMEPNSFHPAAREPTPTIWKVKCTVGRERLSAFCLMQKFVHLKSLGTNLQIISAFAVDHMKGFVYIEAEKQCEINEACQGISGIYVTRVQPVPKSEVFHLFSFRSRNPEISVGMWARIKSGNYKGDLGQVMAVNDTRTKVTVKLIPRIDLQALAAKFGGGYSRQKIAVSAPRLISSSELEEFRPLIQIKRDRDTGKVFEVLDGMMLKDGYVYKKVSPDSLSLWGVVPTEEEQLKFGHSENNESNDLEWLSQIYGDKKKKRVIRAEKGDGKGESSSGSGVVNGFELYDLVCFRQKEFGVIIGMDKDDTYKILKESSEGPVAVTVEKRQIKSALLDLKLSARDHHGKTVLVEDHVRIVKGPSEGKQGIVRHIYRGIVFLYDGSEEENGGYFTAKANMCEKIKLAIGGGKDSEPGPLVFDDQPSSPRSPLSPEKPWQARENNREFNNGDKDGLFTIGQTLRIRIGPLKGYLCRVTGIRRSDVTVKLDSQQKFLTVKCEHLSEVQGKSTAMPTSGDPDSSLSKPFDFLGTEGSSGGWMDVAGTSTGGGGWNVGGGGPSTGGAGWNVGGTAAETTEGGGWNAGGGGGGTTTEGGGWNAAAAGGGGTSTGGREWNAGGGGSSTGDGAWNAGGTSTETAGGGGWKTGGTSAETTEGGGWNAGGGGQSTGGNGWNVGGKTTETTEAGGWNVGGGGTSTGGGGWKTGGTSAETTESGGWTAGGRGKSTGGNGWNVEGKSTETTESGGWTAGGGGKSTGGNGWNVGGKSTETTESGGWNVGGSGTSTGGGGWKTGGTSAETTEGGGWNAGGMPAERGALSNHSAPSCLMPESTSNPFSSKGNDPVSCPTVTGTEDTAWDTKNTSTQKSSWGAAVENNVITSDPDQSGGWGSITGLKSGSSEGAKEDSNWGKMKSGSITMPEIPDSEGEKGGNWNSLSDNAGVNQGDGWAKKSNWKSGSTNDSIAKKSDSLSWGEGTLKNENQNSDWSSVGPSVATPDTDWGKKTEWNSGNGGSQASEVNKSNWNSGSGDSNQTSSWGKNSNWNSNNSSGSAWNENKNSNWSSGNPDPQTQDSAWGKKSNWNSGSGGANESTNWKSNGNWSTGSGDSLGGVNDGLNETSEDGGGGRRGGYRGRGGTDRGGFRGRGFRGGGFGGRGERGGGFGGRGERGGFGGRGRSDREGFDGRWGSNGGFGGRGSGRVDQSGEDGSFDGKKGGWNKGASSNTTSWGQSNAADKGQSSSWNDSADGSWGKKNDASDKGGW*

Promoter(3k):

>AM02G038440.1
ATTTCTGCCTGAAAGTTGCACATCTGGTACCCTCAGCAATAGATCTGCCCATGCATGCCATCCACAACCCCTCACTTTTTCTCTTCTCCCTCACCAGATTTCACCACCTCCTCCGCCAGAAGTTGTGACCTTCCACCATTGCTTTTGTTCCGGTTTCTTCTGTTTTGGCCATTTTTTACTTTTATTTTCGCAGTTTAATCAGTGATTTTTTGGTCTACATCTCTTGTTGTGGTTATGTTTTTGGTAGCTTAATCCTAACACGGCTTCTTTAATGATGAGTTTCTATCTCAATATCAGTTTTTGTTTCCTCCCTAGGCACTAATCAGATGTGCATAGAGAATACCAACAATGGAGGAGCAATAATGGAGGAGGAAGAGGGAGAGAGAAGAGATGCTGAGATAGCTTGAGCGAAAGACCGAGGATTGTAATTGCTTAGCAATTGCATTTATAGTTTGCTGTAATCACAATTTTGCCGTTGGAAAAATTCCCGTCTCTCATACTGAAAAGGCGATATTGTATTAATAAAGGGCGATAATAAACAATGTCAAAAAATTACTAAAACCCTAATATAATTTCTTTGCTATAACCTATCTATTAAAATTACAAAAACCAATCAATTTAACCACTAACAAGACTACCAAAATCAATTACTATGAAAATTATTAAAATAATATAAAATGAAAATTACTAAATTAATTTTAAATTATCTAAATTTACTATTTACTATAATTTATCTATTAAAACTAGTAAAATCAATCAATCTAACCACTAATAATTGTCAAATACAAAATTTAACCACTATCCAAAATTCTAAAATAGTTTTCTTTTTCATAATTTAATTAAAATGATTAAATTATTAAATGATCTAAAAGTTAGTATTTACTATAATCTCTCTATTAAAACTACTAATATCAATCAATTTTTTTGATCAAAAATAAAATCAATCAATTTAACCATTAACAATTGTAACAAAAATTTAACCACTATCAAAAATTATAAAATATCTTTTTTTAATTTAATAATTTATTAATATAATAAATATGATTAAATTAATATTAAATTATCTAGAATAAGATGAGTAAACAAGTGACAACGAGAGACTGACAATGAGATCGACAACGGGAGCGACAACGAGAGCGGCAACGGGAGCGACAACAAAAGCGGCAACGGGAGCGACAACGGGGTACATATCTTATATTAAATCTCATTTTCTTTTTTCCTGATTTTTACTCCATTATTAATAGTATAAGAAGACACCGACTTATTGTCAAAAAAAAAGAAGATACTGACTTTTTTTTAAACTTTTTGCGACACAAGTATTTTAATAAATATTAAATATAATTTCATAGCACCCAAGATCACTTGGATGAGATGATAGGGGTCTCTTCGAGCTTAACCAAGGTCATGAGTTCGAATCCAGTCTTGGGCATGCAGCAGTGTTAAATTTCTTGAGGAAAAGTTTTGCCACCCATTGTGGTCCTATCCGACTCGAGGGATTAATTTCCGCAGTTGCGTGCAAAGCATACTCGATTCATACCAAAAAAATTATAATTTCATAGCAAATATAACAAATATAGTGTCACCCGTAAGAATGCACGAGTAAAATACTAGTTGAGCACTAAATCTGGCTCACGGAGATACCAAATAAAAATCTGGCAGCCACAATCACGGCTAGCAACCCACACAAACAAAAAGTCAAGAAAAATTTAAGATAAAAAACAAAGACTAATTTGACCACGTCCACGCTAAATGTCACATATGCAAAATAGGAACGATGTTAAACAGAAAACATAAAAAGGCTGATGTTGTTTTAATTTTGAGTAAGTGCCCAAATTGGTGTTGACAAAAAAACTGGAGACCAATTTGGTTCTAAGAAATAAAAAGTACTACTAATTTAGTCTCTGAAAAATGAAAATATGGATCAAATTAGTCTTTAGTAGAAATTATAATATAATGTCCCTAAAATATTATCAAAAAGACTAACTTAATCCATATTTAATATTGTTGAAGGACAAATTGATATTTTTTTCATAGAACATATTGATTTCCATATTTTTTGTTAGAGGTATTCACTCTTAAAATTTTGATCAGTAGGTATTCACTCAGTAATTTAAAAAGTCAAATGAGGTTTGTGGAGAAAAAAACGAAACCGAAATTAAATTAAGTGACGGGTTGGGGAGCATTTTCGCATAAGCTACATGCTATATATAGGGTCGGTTTGGATAAACAACTTAATTAAGTGTTTATGACATGAGTGTTTATCGTATAAGTGCTTATGCATAAGCTATTTATTTAATAAAATGTTAAAATTAAGGCTAAAGTGCTCCTGGGGTCCCTTATCTTTATTTAAAGTAACGAATTAGTCCTTTATGTATTTTTTGTCCCAAATAAGTCATTTATCTTTCAAATTTTTGACACATAAATCATTTTCCGTTAACAGTACTGATTTATGTGTCAAAAAAAGGATTTATGTGTTAAAAATTTGAAACATAAAAGACTGATTTGGGACAGAAAAGGGTTTATGTGTCAAAAATTTAAAACATAAAGGACTGATTTGGGACAAAAAAAAGATAAAGGACCAAATCGTTATTTTAAATAAAAATAAGGGACCCCGGGAGCACTTTAGCCTAAAATTAATGTTAAACTATTTTTCAATAAGTCATAAGCTATCTTGAGGAGCTTATAAAAATTAGCTTCTTATAAATATGTCATAAGCTGTTTTTGCTTTTTATAATAAGCTCTTCCGAACGGTCTCAGAAGTACTTATGCCAAATAGATAAACCCAAATAATTTATCGGATCCAAAGTGCCTATAAAGGGATAACAGTAGTTTAAAAGGTAAATTGAGGGTTTACTTTAATTCCTATTCCTATTTTGTAAGAATTACATTTCTTGATCCCGGTCTTCGCACTTTACACTCACTCGCTCACTCCCTCTCGCTCGCTCTTTCTCTGCATGCAATTTCCGTTGCTCTCACTCCACATTTTCGCCGGAAAAGACG

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF03439.16	Spt5-NGN	144	227	2.10E-20

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0008270	zinc ion binding	Molecular Function
GO:0005840	ribosome	Cellular Component
GO:0016020	membrane	Cellular Component
GO:0006412	translation	Biological Process
GO:0006338	chromatin remodeling	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR039659	Transcription elongation factor SPT5
IPR041977	Spt5, KOW domain repeat 4
IPR041973	Spt5, KOW domain repeat 1
IPR014722	Ribosomal protein L2, domain 2
IPR036735	NusG, N-terminal domain superfamily
IPR039385	NGN domain, eukaryotic
IPR005100	NGN domain
IPR005824	KOW

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A8B8MD32	_

SwissProt

SwissProt term	Description
RDM3_ARATH	Protein RNA-directed DNA methylation 3

KEGG

KO	Description	Enzyme
K15172	transcription elongation factor SPT5

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT5G04290	kow domain-containing transcription factor 1
Medicago sativa L.	MsG0180006000.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os02g53230.1	transcription elongation factor SPT5 homolog 1, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa021225	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000002s00000274.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr07_20390T	_
Arachis hypogaea L.	AH19G38540.1	Protein RNA-directed DNA methylation 3 like

Expression pattern