Gene detail

Detail information of Am02G003970.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am02G003970.1	glycosyl hydrolase family 10 protein / carbohydrate-binding domain-containing protein

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am02G003970.1	mRNA	Chr02	15706444	15712280	-

Sequences

CDS:

>Am02G003970.1
ATGAAGAGGTTCTCTGCTTGCTGTTTCACAAGTTGTGTCTCAAAGTTTCACTCCCACTCGAAGCACAAGAAATCTCAGTCTCAGACAATGGCAGGAAACATCTCTGATCCATGTGGAGGCATGGGTACTAATATTTTGCTGAATCATGACTTCTCTGGTGGGCTGAACTCTTGGCATCTCAATTGCTGCAATGGCCATGTAATTTCAGCTGAAAGTAGTCATGCTGTTATCACGGACCGAAAGGAATGCTGGCAAGGTCTTGAGCAAGATATCACAGACAGAATTTCCATTGGTTCGACTTACATGGTTTCAGCTTGTGTCGGAGTATCTGGGCTTTCTCAGGGATCTGCCGATGTTAAAGCTACTCTGAAATTAGAATATCACGATTCAGCTACTCGTTACTTGTTCATTGGAGGAACTTCTGTTTCAAAGGGTTGCTGGGAAATGTTGGAGGGAACTTTTTCACTTTCTACAATGCCTGAGCGGGTTGTATTTTATTTGGAAGGACCTGCTCCTGGAGTCGACCTCCTTATACGTTCAGTAGAGATCAACTGTTCCAGTCCAAATAACAATGCCACAAGCACAGGAAGATGTGTTTCCGCTGGAGATGACATCATAATAAACCCCCAATTTGAGGATGGCCTGAATAATTGGTCTGGAAGAGGCTGCAAGATTGTGTTGCATGATTCCATGGCAGATGGGAAAATTGTTCCGAAGTCTGGGAAAGTTTTTGCAACTGCAACAGAACGAACACAAACCTGGAATGGAATTCAGCAGGATATAACTGGACGTGTGCAACGCAAGCTGGCCTATGAGATCACTGCTTTAGTTCGAATATTTGGCAACAATGTCACTAATGCTGATGTACGCTCTACTTTGTGGGTCCAAACACCAGATCTTCGAGAGCAGTATATAGGCATCGCAAATGTGCAGGCAACGGATACAGATTGGGTGACAATGCAGGGAAAATTCCTTCTAAATGGTTCCCCATCAAAAGCGGTCCTTTATCTAGAGGGGCCTTCTCCAGGCACTGACATTCTTGTCAATACTTTGACTGTGAAGCATGCAGCTAAAACACCTCCTTCAACACCACCAGATGTAAAGGATGTTGCTTTTGGGGTTAATGTTATCCAGAATGGCAATCTTGGTGATGGCACCAATGGATGGTTTCCCCTTGGTAATTGCACTCTAAGTGTTAAAACTGGTTCTCCTCATATAATTCCGCCAATGGCAAGAGATTCTCTTGGGCCTCATGAACTCCTAAGTGGGCGCTACATCCTCGTTACTAATAGAACACAAACATGGATGGGTCCTGCTCAAGTAATCACAGACAAATTGAAGCTCTTTTTGACTTATCAAGTATCTGCTTGGGTTCGGATTGGTTCTGGTTCAACTGGGCCACAGAATGTAAATGTTGCCCTTGGTGTTGACAACCAGTGGGTCAATGGAGGACAAACTGAGGTTTCGGATGACAGATGGCATGAAATTGGTGGGTCCTTTAGAATTGAAAAGCAGCCATCAAAGGTTATGGTTTATGTTCAAGGTCCTGCTTCTGGTGTGGACTTGATGGTTGCTGGACTTCAAATTTTCCCCGTTGATAGACGTGCAAGATTTCGATATTTAAAGATGCAGACAGACAAGATCCGGAAGCGTGATGTCGTCCTGAAATTCTCTGGTTTAGACTCTAGCAGCTATCCTAACACCACAGTACAAGTCAGACAAACACAGAATGATTTCCCAATTGGAACATGTATCAGCAGATCAAACATTGAGAATGAAGATTTTGTTAACTTCCTTGCGAAACATTTTAACTGGGCTGTATTTGGAAATGAGTTAAAGTGGTATTGGACTGAGCCACAACAAGGGAGTTTGAATTACAAGGATGCTGATGATATGTTAAGCTTATGTCAAAAGTACAAGATAGCTACTCGCGGACACTGCATTTTCTGGGAAGTGGATGAAACTGTTCAGCAATGGGTTAAGTCACTAAACAAAAATGATTTGATGACGGCTGTCCAAAACCGCTTAACTGGCCTGCTGACTCGTTACAAGGGAAAGTTCAGTCACTATGACGTTAACAATGAAATGCTGCATGGTTCATTTTACCAAGATAGACTTGGTAAGGATATAAGGGCAAACATGTTCAAAACAGCAAACCAACTAGATCCATCTGCTACACTGTTCGTGAATGATTATCATGTTGAAGATGGATGTGACTGCAGATCCTGTCCTGATAAATACATTCAACATATTCTTGATTTGCAAGAGCAAGGTGCCCCAGTTGGTGGAATTGGAGTGCAAGGCCACATAGATACTCCAGTGGGGTCTGTTGTCTGTGCTTCCCTTGATAAATTGGGTATTCTTGGTCTACCTATATGGTTTACTGAGCTTGATGTGTCTTCTATCAATGAATATGTTAGAGCAGATGATCTTGAAGTTATGTTGAGGGAAGCTTTGGCTCACCCTGCTGTAGAAGGCATAATGCTGTGGGGATTTTGGGAGTTGTTTATGAGTAGAGACAATTCACACTTGGTGAATGCAGAAGGTGATATCAATGAAGCTGGGAAAAGGTTCCTAGCTCTTAAACAAGAGTGGCTGTCTCATAGCCGTGGTCATGTTGATGAGCAAGGACAATTCAATTTCAGAGGTTTTCATGGAACATATAACGTGGAAGTTGTGACCCCATCAAAGAAAATTTCTAAGACATTTGTGCTTGATAAAGGTGACCTCCCGTTGGTGGTATCCATTGATTTGTTATAA

Protein:

Promoter(3k):

>AM02G003970.1
TTGCCATTAACCAAACGAAACGTGATGTGCTTGCTTGACTTCTTGCTTTAATTCTTTTTTGACAAAACTTTTTGCTTTAAATCTAATTTTATTGTTTTTAATCTTTCACATTTGCAAAGCGCATCAAATCTTGATTAATCTGAACCGCATCAAGTGAGTTATTTCAAGTGAAGATTTTGCTATAATTTTCTATTTTCACAAGTAAATTCATATTTCATTAACCAAACGAGACAACAATATCACCACAAAAAAAGGGATAAATTAATAATTAAGCGCATGTGATAGCGTAAGTGCATGGTTAGTGCACAGGGTGCATTCATAAAGACACTACATCCTATATCAAATATAAAGCCTATTGTACTATTATGCTATGTTATTTTGCCACCCTAAAAATATAAACCGAAATCACGTGAATTCTTGCTTTAATCTGATATTTCTTTTAACATTCATAAAGACAAAATATTAAAAATAATTATTCTGACATTGATATTTTCTCGCATACTTACATATCAAATATAAAATAACCGGCGGTAGGCAGTGGCGGACCCAGGACCCCGGGGTCAGGGGTGTCAAATTTTTAAGGCCGGTGTCAAATGGGTGCAAAACTTGGTCTACTAGTACAATTTCAAATTTTCAGGGGTGTCAAAATTAAAATTTCAGGAAATTTAGGCTATTTATATAGGGTGTTTAGTGCAAAAAAAAAATTCCAGGGGGTTCAACTGAATCCCCTGGATTGTAGCCAGGTCCGCCACTGGCGGTAGGGTGGTGTCTTATTGTAAGTAGCAAAAGAAAGGCTTTAAAGATTCACAAACGTGTAGTTATTTGTATTATATTGTAAATTGTAAATATATGTCAATAGATACTTAGATTGATAGATAGAAAATAGATGAATAGAAAAAACAAAACCTGGGGGTAGAGTTCTATTTTATTTTCGGTGGAAATAAAAAGCACTAATGATTGACATTTGACAGAACTGCAGTTAATTTTATTATATAGTTAGCAGCTTAGTAGATCTAAAATTAATATATACAAAAAAGTAGTTTTTTTTTGTTTTGAGAGGGAAAATCTTTTATGAGAAAGTGAGGGGTGGATCTTCCTTAGGGCTGGGGAGGGCCACTGGCCCCAAAAAAACCATGTTAAATTACAACAATACCCAAGCTATAAAACCACTGCTAAACAAATATATGTTTTGCGAGAATTAAGTAATTTAACATATATTTGTTTAGCAGTGGTTTAACATATATTATTGTTTAGATTGAATATCGATATATATATATATATATATATATATATAATACATAAGAAAAATATGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGAGTATAAATTTTATTTATATTTTTAATACTATCACGTCTCTTATATTAGAATAAGATATTATGAATAGATGGATGATAGTTTTCAAAAAAATATTAGAATTTTAATATTAGGATCAAATAAATTTAAAATTATCCATTCACAAACAACTTCAATGGAGTCTCTATGTGAAATCAAAATTACATTTTTAGTCTCTTAATTTTTTTTTTTGCTACGGTGTTATTGGTGCGCGGTATCCATCAGCTTAGCCAATGACTAATCTACGTCGGGGGAACCTAGCTGGCCACGTATACTCGTCAGTCAGTCATTTAATTGTGTTTATAAATAATTTTAACTTATATTATCTATTGTAATTGTATTTACGTTTCTGCGTCTCTTTTCACGTGTTTTTGAGTTTCCATTGAACCTTAAATTGGTGTCTTCACCGGTTCGATGACCGGTCGAGTTCTCTGAAAATTAATATCATGTATTAAATTGAACTTTTGTAAAATTTTTGGGATAAGATTGACTAATAACTCTATTGTTAGTTTTTGCTAGTGCCTCTCTTTAGAAAAAAATCATTTTTCTCAATAAGTTATTGAGTCCGTTTGTTAAGGATTAAAAAATAAGATTTTATTGTTAAATAATTTATAAATTAGTTTTTAGAGATTTTAAAAAAAAAATGAGAAGTTGCTTTGTGTTGTGTAACATACTGAAAATCACTTATTTTAAAAAATTCATTCTTAGAAAAATGATTTTTCTCTTAAAACAAAATGATTTTGTTTAGATACTCAAAATAGATTTTTATTTAAAGTAATTTTTAGATTATTTTTTAAATTCTCATTTTCTTAAAAAATTGTAACAAACTGATAAAAAACTTCTAAAATAGATTTTTTTTTCCTTCAAAAAAGTGATTATTAATAAGTTGTAACAAAAATGTTCATTATTCTGGGCCGGCTTGTTGCCCCTAGAGACACTACTGTTCGTGCGGTGGATACCCGGTTTAATTGTTCCTCAATTTTCTTTGCACCTGCACAAGGAAGGTATCGGGTTTGATTCTCCGAAACCACAAATCTCCTTAAAACATGGAAGGCAGCTTCTTACCTTCCGGAGGCCAATGCCACTGTCCTAAAACGACGACGTATCTCTCTTTTTTCAACCCGCAGCCGCACCACCTTGCAAATTCAATTGAACCAACCACTGGTAATTTTCATTGCAGTAGTTTTACTCTCGCTCTCAGTCTCAAGGTTTAACGTAATGTCACAAGTCTCTGCAATTCAATTCGAGTTCGCATACGTAAGAAACTGGGAGTATAGTTTATTTTCTAAATTCCTTTACGTTATACGTACGGTTAGAAAACTCATTTGCACCTAACACTGCAAAATCTTGCAATCCAAGACTTGCATAAATGGATCGGATTATTCATTTTTAAAGTTAATTTAAGGAATCAAAGTGTCATTTCCTTAGGCTTCCATTTCAATTCAAGCATTACTAATCTGCAAGGCAAAGCAAAAAGCATAGGGATATTGATTTCATTTCTAGGTTAGAAATAGAATTGATTATTAAATTTGTTTGATCCTAGGTTTTGGATAATGATATATCCAAGTGGGAAGGAAATTTGCTTGTTTTCCGTAGACTTTACTCGCAAATTTGCTAAGCGAGTGGGTATTTA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF02018.20	CBM_4_9	44	172	1.60E-66
PF02018.20	CBM_4_9	204	341	1.60E-66
PF02018.20	CBM_4_9	375	518	1.60E-66
PF00331.23	Glyco_hydro_10	575	832	2.30E-45

Gene family

Gene family	Subfamily
Carbohydrate-Active enzymes Family	CBM22

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0031176	endo-1,4-beta-xylanase activity	Molecular Function
GO:0000272	polysaccharide catabolic process	Biological Process
GO:0045491	xylan metabolic process	Biological Process
GO:0016998	cell wall macromolecule catabolic process	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR017853	Glycoside hydrolase superfamily
IPR001000	Glycoside hydrolase family 10 domain
IPR044846	Glycoside hydrolase family 10
IPR008979	Galactose-binding-like domain superfamily
IPR003305	Carbohydrate-binding, CenC-like

trEMBL

trEMBL term	Description
A0AAN9K676	_

SwissProt

SwissProt term	Description
XYN1_ARATH	Endo-1,4-beta-xylanase 1

KEGG

KO	Description	Enzyme
K01181	endo-1,4-beta-xylanase	[EC: 3.2.1.8]

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT1G58370	glycosyl hydrolase family 10 protein / carbohydrate-binding domain-containing protein
Medicago sativa L.	MsG0180000376.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os07g27320.1	glycosyl hydrolase family 10 protein, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa016071	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur001672s00031248.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr02_17170T	_
Arachis hypogaea L.	AH16G38700.3	Uncharacterized protein like

Expression pattern