Gene detail

Detail information of Am01G045500.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am01G045500.1	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am01G045500.1	mRNA	Chr01	227512490	227522047	+

Sequences

CDS:

>Am01G045500.1
ATGACGAAGGTTGTAGCTTCAAAACAAGTTGCTACCAAGGAAACGCCAAAGTTCGCTAATTTGGGACGTGAACCAGTTAGTGGTACCCTGAATCCTTCAAAGAAAAAAGAGTACAGAGTCACCAATCGCCTCCAAGAGGGAAAGCGCCCTCTATACGCCGTCGTATTTAACTTCATTGACTCTCGCTACTTCAATGTTTTCGCCACAGTTGGTGGCAATCGGGTTAATGTTTATCATTGCCTTGAAGGAGGAGTTATTGCTGTATTGCAGTCTTATGTAGATGAAGATAAGGATGAATCTTTTTACACAGTAAGCTGGGCATGCAATATTGATGGGACTCCATTTGTTGTGGCTGGAGGAATCAATGGTATAATACGAGTCATTGATGCTGGCAGTGAGAAGATACACAAGAGTTTGGTTGGCCATGGGGACTCCATAAATGAAATTAGGACTCAAACATTGAAGCCATCACTTGTGATATCTGCTAGCAAAGATGAATCTGTTCGATTATGGAATCTTTATACTGGAGTATGTGTTTTGATATTTGCTGGAGCTGGAGGACATCGTAATGAGGTCTTAAGTGTTGATTTTCATCCATCAGATATATATAAGATTGCCAGTTGTGGCATGGATAATACTGTAAAGATATGGTCTATGAAGGAGTTCTGGAGCTATGTAGAACAATCATTCACATGGACAGATCTTCCTTCTAAGTTTCCCACAAAATATGTGCAGTTTCCTATATTCAATGCTTCAGTTCATATAAACTACGTGGATTGTACTAGATGGTTGGGTGACTTTATTCTCTCAAAGAGTGTTGACAGTGAAATTGCCTTGTGGGAACCTAAAGTGAAGGAACAAACTCCAGGGGAGGGTGTAGTTGACATCCTTCAGAAATACCCTGCTCCCGAGTGTGATATATGGTTCATCAAGTTTTCTTGCGATTTCCATTACAAATCAGTAGCAATAGGTAACAGGGAAGGGAAGATATTTGTTTGGGATTTGCAGTCAAGTCCTCCTGTTCTTATTTCAAAGTTGTTGCATCCTCAATCAAAATCTACAATTAGGCAGACTGCTGTGTCCTATGATGGAAGTACTATCTTAAGTTGCTGTGAGGATGGCACAATATGGCGCTGGGATGATTTTGCAAACTCCGAAGATCAAGATCTAGATCAAGAGTAA

Protein:

Promoter(3k):

>AM01G045500.1
GTTCCATTGTTTGGATATTAAAAAAAATAATGGAATGGAGCGGAACTCAATGGAATCTATTCCATGCCATTCCATTGTTTACTCTCATTTTGTTTCCCCTCCAATTTGGAGGGTAAGGGATGGAATGCTTGATTAGCATAACTTTATAATTTTAAAATTACAACTTTATCCCTATTTCTACCTCTTCGTAACCACTGTACTTTCATCATTTTCTTTCGTTAATTATATTATCAACTTTTAGATAACCACCAACTAAGAAACAATATTACTGTAAAAAAAACGAATTAACTGATATTCTGCGTCTTCGTTGTTCTACTAGATTCATAGTCCATTTCATTGTCTTTATATATTTAGTAGTTTAGTTGTTTTCTAGGTTCTGCGTGTCCTTTTTTTTCTTGATCTGTTATTAAAATCTTCCAATTCTTGTTTTATGTTTAAATTCAACGTTAACTGATTTTGAAATATATATGAACTAAATTATATTGATTTCTTTATTACTAACTTGACGGTATTTTAAATTTTAAACTATTACAAATAGACTAATTTGACACTTATATGTCTCATATGAAATCAATTATCAACTGCAAATTGAATTCTTTTATTTTTAAAATTTAATGAAGTTATTTGTTTTCTTTAAACAATGATAAAAGTGGGAAAAAAAAAATTATAACTCATTCCATTCCGCCCACTTTTTAAACAATAGGAACTTTGTTCCATTCCATCATATTTATTATTTATTATTTGTGCATATTTATTATAATTAGTTTAGTGCTATTTGTGCTATTCATTTTATTTTTTTATTTTGACCGTTCGTTCTCCAAACAATGAAGTGGTAATATTGTTCCGTTCCATCATAAAATACCCAAAGAATTATTTTGAAATTTTATTCCACTCTATTCCGCTCCGTTCCGCTCCATTCCATTCCGTTAAGTTGGGTTTAGCTCTATCTAGTTACGGTTCATCGCTGCAGGAAAGCTGGTCAGACACTCTCTCTCTTCTCTCCCTCACCATCATCGTTTTACTCTCTCTCAATCCACTCACCCATCATCGCTGAAGGAAAGCGTGTCTAGTGTTGGTATCTCAACGTGCTCGCAGCAAACCTCTGTGTTCTGCAATTTCTTCTCTCGCCGCCGCAGTCCGCTTCCAGCAAACGCGCAGGTAGCTGCTCCTTTTCTAGTTGGTGAGTGCCACACCTCCCTTATTCAGCTTTCCCCTAATTCGTGTGTTTCTATTTCAAATTTCAATTTCTCTCAATTTAGACTAAAACCCTAATTTTTGATACTCCTGATTTTTCTATTAAGCTGTTTCCTTGTGTAATTTGTTCCAATTTGTGCGTCATGAGGATATTTTCATATGCTTAAGAATTATTAGACTGGGGAATTTATCTTTGTATTAATCTTGTTTTTTGTGTGCTACTACCGTGAAAGCAATCTTCTTAGGTTTCACATGTCATTGTCCATCTTGGCACGTTTTGTGTTTGGCCAATATGTGCCTTCTACACATAGATAAGGCCTGGTATTAAAAAAGTTGTTAAAACCAAATTTGAGCTGGTTTTGAAATGTATGGCAAGTTGACTGGGATTTACATGGTACTGAACTTGTAAGTTCAGTCGGTTGTTAACTGAGTTTTTATTGGATTGATCTTGGGATTTAAGAGCATTGCTTAAGACATTCTATTGATTTTCTGATTTGAATTCTGTTAGTAATGATTGTGATTTACTTAATTTTGATAAGACCAAAGAAAAGTGAAAGGGAAATCACAAATATCTAAATTTGGGGCATGATCTCTTGAACGAACCTAGTTTTTCATCCTTTTTTTCTTCAATTTTCCCAGAACTAGACAGAAGACATTAAACTGAACTTCTGAGGTAGATATTTAAGTTTGTTGATCGTATAGTTGTTATATTTAATTCAGCTGCCAATTTTCTGTGGTTGTGAATTTTGATACTTGAGAATTAAGATGCCGGTATCTTGTATCCATCACAATTCCTTAGCTGGTTCTAAATTGCAGTTTGCTTACTTACCACATATATACTTCCCAAGTCCTGTCCTTATTGCTCCTTAACCCAAAGCAAATATCTAACTGTTTAATAGCTGCTCCTTGTTCATGCTCTGTATGCAGTTTCTGCATGTATTTCTTCTGCAAAATGATGATCACTGATACTAAGGGGAAAATAGGCAAAAAGTAGTAGTACATTATTTTTTGTATGGCAAAGATCACATGTTAATCTGTAGATTTAATTAAAATAATATAAGCAGGCTTGGTAACCCGTGGAGTGGTCTGGCCTTCAGAGTTGGCGAACTAGTCAAATTAATAGTGGGTTAGTTATTTTTTTAATAAAGTCATGGCATTTGGGCAGGGCTTTGGGTTTTCCCCCTGTGGGCTTTTATTTGACACTTTGGGTGATTGACAGCTCTAGTCAGACCAATTATTTTGATATGTGACTTGATTTGATTCAACTGGTTTTCACACTCTGAATGAGGTTGACTTGGACAACATTGAATCTGAGTCATGTATAAACGTTTTTTTCTTTTAGTAAAACAAAAGAATTGGTCAAACCTTTCAATTGTAAAGGACATGAAAAATAAATAGTTAAATGCGAAAAAAATGTAATTTTCAAGTTTATTTGATAAAAAAGAGGTTGAAACTCTACACAAATTTTACTTTTTGTGAGCATAAGTGTATCATATAAGATACAATATATTAAATTATATTATATAGTTACATTTGTGATTTGGCATAATATCTCTTATTTAATTGTACTTTTGATCACATAATTGTAATTATAATTTGAATAATAGTTTCGAACTTGTTAAAATATGTAAAGTACCAGCATTATAATTTTTAGAAACTTCATAGACTCGTACAAATATCCAATTAAAGTGGTTTTCTGGTTCAATCAGGATAATCCAATGATTTGACAATTTGTCAGGGAGATTAATTACACTAGCTACCAGGGGGTGAGGAGACAGCAGCAGTTCCTCAGAAGGTAGAGAAGTT

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF00400.35	WD40	178	218	4.40E-13

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	DWD
Epigenetic Regulators	PGE1

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0035098	ESC/E(Z) complex	Cellular Component
GO:0031491	nucleosome binding	Molecular Function
GO:0000122	negative regulation of transcription by RNA polymerase II	Biological Process
GO:0031507	heterochromatin formation	Biological Process

InterPro

InterPro term	Description
IPR036322	WD40-repeat-containing domain superfamily
IPR015943	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
IPR019775	WD40 repeat, conserved site
IPR001680	WD40 repeat
IPR020472	G-protein beta WD-40 repeat

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A1S2Y2M9	_

SwissProt

SwissProt term	Description
FIE2_ORYSJ	Polycomb group protein FIE1

KEGG

KO	Description	Enzyme
K11462	polycomb protein EED

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT3G20740	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein
Medicago sativa L.	MsG0180000982.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os08g04270.3	WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed
Cucumis sativus L.	Csa001142	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000376s00018697.2	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr04_32650T	_
Arachis hypogaea L.	AH18G11440.1	Polycomb group protein FIE2 like

Expression pattern