Gene detail

Detail information of Am01G042100.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am01G042100.1	pumilio 2

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am01G042100.1	mRNA	Chr01	218051650	218058237	+

Sequences

CDS:

>Am01G042100.1
ATGTTGTCTGAATTGGGAAGGAGGCCGGTGCTTGGTGGGAACGAGGGTTCCTATGGAGATGAATTTGAGAAGGAGATAGGGATGTTGCTTAGGGAACAAAGACGGCATGAGGTTGATGATCGTGAACCAGAACTCAATTTGTATAGGAGTGGATCAGCTCCTCCAACTGTTGAGGGTTCTCTCAGTGCAGTTGGAGGTTTATTTGGTGGCGCCACGGCTGCGGCTGCTGTTTCGGAATTTTCAGGGAATGGTTTTGCTTCTGAGGAAGAACTAAGGTCTGATCCAGCTTATCTTTCATACTATTACTCTAATGTGAATTTGAATCCTAGACTTCCACCTCCTTTGCTATCAAAGGAGGATTGGAGGTTTACACAGAGACTAAAAGGCGGACCTCCAGTTCATGGTGGAATTGGGGATAGGAGGAATGTCAACAGAGCTGATGACAATAGTGGTAGATCATTGTTTGCAACCCCTCCGGGTTTTAACTTGAGGAAACGAGAGGGTGAGGTGGATAATGAAAAAATGAGAGGCTCGGCTGAGTGGGGTGGTGATGGACTCATTGGTTTGCCAGGACCAGGTCTTGGCAGCAAACAAAAGAGCCTGGCAGAAATTTTTCAGGATGATTCGGGGCGTAACACCTCTGTCACAGGCTTCCCTTCTCGCCCAGCTAGTCGTAATGCATTTGATGAAAATGTTGATATTACAGCTTCAGCTGAAGCAGAGCTGACTCATTTACGGCGTGATTCCTCAGTCATTGATGCTTTAAGACCTGGATCAAATGTTCAGGGGTCATCTGCAGCCCAAAATGTTGGCCCACAAGCTTCATATAGTTATGCTGCTGTACTTGGTTCTTCCTTGTCACGAAGCACTACTCCTGATCCACAACATGTTCCCAGGGCTCCCAGTCCTTGCCCCACACCTATTGGTAGTGGAAGAGTTGCTGCTGCCGAGAAGAGAGGTATTAGCAGTCCTGATGCGTTTAATGATGTTTCATCTGGCAATAATGGGTCTGCAGATATTGTGACTGCATTATCTGGCATGAATTTGTCAGCAGACGACGTGTTAGGTGGTGATAACCATTTCCCATCTCAGGTTGAGTCAGATGTTAATAATTATCAGAGATATCTTTTTGGTATGCAAGGTGGTCAGGATCATGGTAAGCAACCCGCATATTTAAAAAAGTCAGAATCAGGTCACTTGCAGAAAACAGCTTACCCTGATTCAGGTAAGAGCGGTGGGAGTGTGTCAGACATGAAAAATCCATCCTTGGATAGGCAGGTTGAGCTACAAAAGTCTGCTGTTTCTCCCAATAACTCATATTTCAAGGGTTCACCTACCTCCCCTTTTAGTGGTGGAGGTAGTTATACTACACAGTACCAGCCTTCAGATGGTACCAATTCATCATTTGCTAACTATGGCCTGAGTGGTTATGCTGGAAATCCAGCAGTGGCATCCTTCATGGCTAGCCAATTTGGAACAGGTAATCTGCCACCCCTATTTGAAAATGTTGCTGCAGCATCAGCAATGGCATCCCCTGGAATAGACTCAAGAATCCTTGGGGGCGGTTTGGCCTCTGGAGTTGCGTCTCCATCTGATGTCCATACTCTCGGTAGAATGGGAAATCAAATTGCAGGTGGTGGTCTTCAGGCTCCCTTTGTTGATCCCATGTATCTTCAGTACATGAGGACACCTGAGTATGCTGCTGCACAACTTGCTGCTCTGAACGACCCATCTCTGGACAGGAATTATTTAGGCAATTCGTACATGAATTTACTTGAGTTTCAGAAAGCTTATCTCGGGAATCTGCTTTCACCTCAGAAGTCACAATACAATGCTCCACTGGGTGGTAAATCAGGCAGTTCCAATCATCATGGCTATTATGGAAATCCTGCATATGGCGTTGGTATGTCTTATCCCGGAAGTCCAATGGCAAACTCTTTATCCACTTCTCCGGTTGGATCTGGCAGTCCTATTAGGCACAATGACCTGAATATGCGCTTTGCTTCTGGAATGAGGAATGGAGCTGGGGTCATGGGGCCATGGCACCTAGATACCGGAAACGTCGATGAAAGCTTTGCTTCGTCTCTGTTGGAAGAGTTTAAAAGCAACAAAACAAAGTGTTTTGAGCTTTCTGAAATTTCTGGTCACGTTGTTGAATTCAGTGCTGATCAATATGGAAGTCGATTTATTCAACAAAAGCTTGAAACAGCAACGACTGAAGAAAAAAACATGGTTTATCAGGAAATCATGCCACATGCTCTTGCATTGATGACTGATGTTTTTGGTAATTATGTGGTTCAAAAGTTTTTTGAGCACGGGCTTGCATCCCAGAGGAGAGAGTTAGCCAACAAGCTTTTTGGCCATGTTCTGACGCTTAGCCTTCAAATGTATGGTTGTCGGGTCATCCAGAAGGCCATAGAAGTTGTTGATCTGGACCAGAAGATAAAGATGGTTCAAGAGCTTGATGGCAATATCATGCGTTGTGTACGAGATCAGAATGGGAACCATGTAATTCAGAAGTGTATTGAATGCGTACCTGAAGATGCAATCAGCTTTATTGTCTCAACTTTTTTTGATCAAGTTGTGACACTATCAACCCATCCATATGGTTGTCGGGTGATACAGAGAGTCCTGGAGCACTGTGAAGACCTTAACACACAACAGAAAGTTATGGATGAGATTTTAGGAGCAGTTAGCATGTTAGCCCAGGATCAGTATGGGAATTATGTTGTCCAGCATGTACTTGAGCATGGGAAACCGCATGAGCGTTCTACAATTATCAAGGAGTTAGCTGGCAATATAGTCCAAATGAGCCAGCAGAAGTTTGCTTCGAATGTTGTGGAGAAGTGTTTGACCTTTGGAGGTCCTGCTGAACGCCAATTGCTTGTGGATGAGATGCTTGGCTCCACAGATGAAAATGAGCCTCTTCAGGCAATGATGAAAGATCAGTTTGCTAATTATGTTGTACAAAAGGTGCTGGAGACTTGTGAAGACCAACAGCGTGAGCTTATTCTTTCACGGATCAAAGTTCATTTGAATGCACTGAAAAAGTACACCTATGGAAAGCATATTGTAGCTCGTGTAGAGAAACTTGTCACTGCTGGAGAGAGGAGAGTTGCTGCTCAGTCTCCTCATCCTGCTTAG

Protein:

>Am01G042100.1
MLSELGRRPVLGGNEGSYGDEFEKEIGMLLREQRRHEVDDREPELNLYRSGSAPPTVEGSLSAVGGLFGGATAAAAVSEFSGNGFASEEELRSDPAYLSYYYSNVNLNPRLPPPLLSKEDWRFTQRLKGGPPVHGGIGDRRNVNRADDNSGRSLFATPPGFNLRKREGEVDNEKMRGSAEWGGDGLIGLPGPGLGSKQKSLAEIFQDDSGRNTSVTGFPSRPASRNAFDENVDITASAEAELTHLRRDSSVIDALRPGSNVQGSSAAQNVGPQASYSYAAVLGSSLSRSTTPDPQHVPRAPSPCPTPIGSGRVAAAEKRGISSPDAFNDVSSGNNGSADIVTALSGMNLSADDVLGGDNHFPSQVESDVNNYQRYLFGMQGGQDHGKQPAYLKKSESGHLQKTAYPDSGKSGGSVSDMKNPSLDRQVELQKSAVSPNNSYFKGSPTSPFSGGGSYTTQYQPSDGTNSSFANYGLSGYAGNPAVASFMASQFGTGNLPPLFENVAAASAMASPGIDSRILGGGLASGVASPSDVHTLGRMGNQIAGGGLQAPFVDPMYLQYMRTPEYAAAQLAALNDPSLDRNYLGNSYMNLLEFQKAYLGNLLSPQKSQYNAPLGGKSGSSNHHGYYGNPAYGVGMSYPGSPMANSLSTSPVGSGSPIRHNDLNMRFASGMRNGAGVMGPWHLDTGNVDESFASSLLEEFKSNKTKCFELSEISGHVVEFSADQYGSRFIQQKLETATTEEKNMVYQEIMPHALALMTDVFGNYVVQKFFEHGLASQRRELANKLFGHVLTLSLQMYGCRVIQKAIEVVDLDQKIKMVQELDGNIMRCVRDQNGNHVIQKCIECVPEDAISFIVSTFFDQVVTLSTHPYGCRVIQRVLEHCEDLNTQQKVMDEILGAVSMLAQDQYGNYVVQHVLEHGKPHERSTIIKELAGNIVQMSQQKFASNVVEKCLTFGGPAERQLLVDEMLGSTDENEPLQAMMKDQFANYVVQKVLETCEDQQRELILSRIKVHLNALKKYTYGKHIVARVEKLVTAGERRVAAQSPHPA*

Promoter(3k):

>AM01G042100.1
CCGGTTGTTCCTTTCTTCATTTACCGCTTCTTGCCGAGCCAATAGCTGAACTAGCTGTTGAACCGCGTCCGTCAAGGCCGGAAGTAATTGAGGAGGAGATGGTAAGCTCGTTTCATCTGCGCCCGAATGTGCTCGGGATGGTCCGGTGTTGGGACATCGGCTTCGTGTTTGCGATGAATTTGTGAGTTCCTGGATGTGGCCTTCAGGGGTTTGCTAGGGGCCGAGCTCAGGTTCGGCCATGTGACTAGTTGGTATTGAGCGGCGCGTTGGAGCCATTTTTAATGAGTTCAAGGAGATGGTGAGGAAAATAGGGTGTTGATTCCTCCCACTGTGGTCGCCAATGTTCTGTACTGTGCTTCCGATGTTATGATCGGTATTACGCAGTTAGTAGATATTCAATCCTTGATTCTGTCTCTGTCTTCAGGCTTTAAGAAGAAGACTTTGTCCGATCTGGAGAGGTTCGATCTTGAGAGGCGATGTTGAGATGTTCGGTCTTGATCGGTTCGATCTTGAGGGGCGATGTTGTACCTGCAATGATACTCCGACGCTCAAGTCAGTATTTGAGTGAATGAGTGTTCTGTTAGAAAAGTGCTTACCATTAATGAGCATTGAATGGGGTATTTATAGAGTTTGGATGTATTTGTGTTGGCGTTTTTGGGCCGTCCGATCTTGCGGGCTGATCTTGGCCATTGAAGATTGGACTCTCTTAATTATGATTGGGCTTCTCATCAATTGGGCTTTTGGAGATGGGGGTGTAAATATAAAACAGTATAATCACCATAACACCTTGCATGATACCCATTGAAGAGACACGTGCTCCAGTCTAAATGCTATTACGTCCTGCAGTTAGAAATGTAGTTGAAAATGTGTGTTGCACTGGATTATTATCCCAATTCACGTGTGTGGTAGGCCCATTGATGTAACGTAAAGTCTTCCATCTACACCCAATATTTCGGCTCTTCTTCCCGGTTTCTCTCTCTGGACCTTCTCACACCATTGTTGCCCAACTTTCAAGTTGTTGGTCCCACCGATTCTTCTTTTTTATTTTTATTTTTTCCATTCCATTTTCTATTTTTTTTCCTCTCTGCTTCTCTCCCTCACAATCACACTATTTTCTACTCCTTCATTGCTTCGTGACAAAATATGTAAAGTGCGATACTAATTAAGCAGTGTGATTTGGGGTACTTTAGAGTTCAATTTTTTTAAGTGTTCAAATAAATGAAGTTTGTTACTTAGTAACCAGATTGGGGAAAAACATACGTAAAGTGCGACACGTGTTTTGGGGTGCTGTAGAGTTCAGAAATTTTTTTAACTATTCAACTGCGCAAAGTTTGTTCATCAATAACCGGTTTGGTGAAAAAATTATAATTTCCTAATAAAATATGCAAAGTGAGATATTAAGCGGTGTGTGTAAAATATGCAAAAAAGTTGCTATTTGCACCCCGTGGAATATAATAATACCGTTCTGATAGTTGTAGACATCATATATAATATAACAATAATAATCATTAATAATAATATAATAAATTTGGTTAAAAAAATAATATAATAATAATAATAGTATTCCCGTTTTTTAAGAGATAAAAAAATTTAAAAAGGGCAAACCCGTGCAGAGCACGGGTGTTAGAACTAGTTACTACAAGAGGAGAGAGAGACCAAATTGTCCATTTTTATTTGAGAGATGAGAATCACATTAGTCATTTTTAGTGAGCACTCAACGACACATTTTTCAGTATTAAGTGCTCCCTTTGGTATGGGGACTAAATTGTCCCAAAAGCGTACAATTTTGATCAACAAAAAAAGACCCCACGTCATGTATTCATCAACACAACACGTTAACAAGGTTGCTAACTTTTCTTGGATAGATTTATTTAGACTAAAGTGTGTACAAAAAAAAGATTTAGACAAAAGTGGAGGGAAGGACCAATTCATCCCTGATTTAAATTCTTCACGAACTATTATGAAATTTTATTTTCTTCGGACACTAAATTATTTCCCGTGATATTTTTGAGGACCAAATTCTTGCTTTACTCATAAAAAAATAGGAGATGCAAAAATTCAATTAAGCCCAAAAGTAAAAAAGCAGAAGTAAATGACTCAAAAGTAGCAACGAAAGAGTAGTAGTGGGCAGTTGAAGAAATTTAACTGGTTATTAATTTTTACTTATTTTAGTAGGTTACTTTAGTTTGCTCTGGTTATTCATTCAACCAACGAATCTATTAACACTACGTGTCAGTTACTCGCAGATTCTTCGTTTTACAATACCAGCAAATAAAGGAAAGAAAAGAAAACCCCTCTCTCTCTCACTCTCTCTCTGCCATGGCAACACAACATAACACAACATCAGTCGGTTATCACTTGGTCAATTACTTTCCCCTAATTTGTTGGTATTAAAAATATTAAATTTTATAAATTTCCGTGAAAATAAAAACAAATTTTGAAAAAAGAAAAAACGGAAAACTAATTTGGTTTGGGTTTGGGTTTACTATATCATCATCGTATATAATCCTCCTCAAAATAGAGCAAAACCCTAATAAGGGTTCTTGTATGAACCAATCGCCGCCGGATTCATCTCTCTAAAATCTCCACTCTTTCCCTTTTCATCTTACTGCACCACTCTCCACCTTTTCCCCATTCCTCTTTCTTTCCCATGCTTTCTCACGTCAATTTTGTCAATAATTATGAAAGCCAACCTAAAATTCTCAAATTCTCAATCTCCTTTTGATGATTAATTCTTCACTTCCTTTCATTTCAGCTCACAACCTTCATGGCGATAGTTAATTGTTATTGCTATTATCATTATTATTGTGATTTTAATTTTTAATTCCCAGTAGTTACAAGTGAGCACTTCTGAAGTTGTAAATATGGGGCTTCGGCGTTTTGATGGTAAAAGTTTGCGTTTTTGAGTTGTTTGACGGTTTAGGGTTTGATTTCGGGTTAAGGGTAGTAATCAAATTTTAGCTTATGGAAATTGCGCTGATCAATTTGAGTTTTTGAAAA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF07990.15	NABP	299	711	2.60E-152
PF00806.22	PUF	716	750	4.70E-84
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PF00806.22	PUF	788	821	4.70E-84
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PF00806.22	PUF	899	930	4.70E-84
PF00806.22	PUF	933	967	4.70E-84
PF00806.22	PUF	979	1008	4.70E-84

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0006417	regulation of translation	Biological Process
GO:0003723	RNA binding	Molecular Function
GO:0005737	cytoplasm	Cellular Component
GO:0005730	nucleolus	Cellular Component
GO:0016020	membrane	Cellular Component

InterPro

InterPro term	Description
IPR033712	Pumilio, RNA binding domain
IPR001313	Pumilio RNA-binding repeat
IPR033133	Pumilio homology domain
IPR012940	Nucleic acid binding NABP
IPR016024	Armadillo-type fold
IPR011989	Armadillo-like helical

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A8B8KA92	_

SwissProt

SwissProt term	Description
PUM2_ARATH	Pumilio homolog 2

KEGG

KO	Description	Enzyme
K17943	pumilio RNA-binding family

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT2G29190	pumilio 2
Medicago sativa L.	MsG0480021034.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os01g62650.1	pumilio-family RNA binding protein, putative, expressed
Cucumis sativus L.	Csa011738	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000004s00000473.1	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr06_27240T	_
Arachis hypogaea L.	AH08G11850.1	Pumilio homolog 2 like

Expression pattern