Gene detail

Detail information of Am01G041760.1 Annotation

Gene ID	Annotation
Am01G041760.1	UDP-XYL synthase 6

Network

Network Category	Relationship Type
Global Network	Protein-Protein interaction + Coexpression Positive and Negative
Top300 PCC	Coexpression Positive	Coexpression Negative

Location (JBrowse)

Gene	Type	Chr	Start	End	Strand
Am01G041760.1	mRNA	Chr01	216917600	216921426	-

Sequences

CDS:

>Am01G041760.1
ATGGCAACGAATTCTTCTAATGGAGACCAACAAACAACAACAAAGCAACCTCCCCTGCCATCTCCACTGCGCTTTTCCAAATTCTTTCAGTCAAATATGAGAATTTTGGTCACCGGAGGAGCTGGATTTATTGGTTCTCACCTAGTTGACAGATTGATGGAAAATGAAAAAAACGAGGTCATTGTTGCTGATAACTTCTTCACTGGATCTAAAGACAACCTTAAAAAGTGGATTGGTCATCCGAGATTTGAACTTATTCGTCATGATGTGACAGAGCAACTATTAGTTGAGGTTGATCAGATCTACCACCTTGCCTGCCCTGCTTCTCCGATTTTCTACAAATACAATCCTGTAAAGACAATAAAGACAAATGTAATTGGAACACTTAACATGCTTGGGCTTGCAAAGCGAGTTGGAGCAAGGATTTTGCTTACATCTACTTCAGAAGTGTATGGGGACCCACTTGTGCATCCACAACCAGAAGAGTATTGGGGAAATGTCAATCCTATTGGTGTTAGGAGTTGCTATGATGAGGGCAAGCGTGTGGCAGAAACTTTGATGTTTGATTATCACAGGCAGCATGGAATAGAGATACGCATTGCCAGAATCTTTAACACATATGGACCTCGCATGAATATTGATGATGGGCGTGTCGTCAGTAACTTTATTGCTCAAGCAATTCGTGGTGAACACCTAACAGTCCAGCTTCCAGGAACACAAACTCGCAGTTTCTGCTATGTCTCTGACATGGTTGATGGCCTTATTCGTCTCATGGAAGGGGAAAACACTGGTCCAATCAACATTGGGAACCCAGGTGAATTTACTATGATTGAACTTGCTGAGAATGTGAAGGAGCTTATTAATCCAGCTGTGGAGATAAAGATGGTGGAGAACACTCCGGATGATCCTCGACAAAGGAAACCGGACATAGCGAAAGCAAGGGAACTGCTTGGATGGGAACCAAAGGTGAAGTTGCGGGATGGACTTCCTCTTATGGAAGAAGATTTCCGTCTAAGGCTTGGAGTTTCCAAAAAGAACTAA

Protein:

Promoter(3k):

>AM01G041760.1
GCCGATCATAAGGCTTGCCTTCAACCAAGGTTCTAAAAAACGGTCGCGGTCACGGTTGCGGTCGCGTTAAGGCTTTCGCGATTTCGGCTGTTGCGGCTGTCGCGATACGTATTGCGGCCGTTGCGGTGTGAATTAACCACAATAATGCAAACAATTAATTAAAATTATTTGTATTTTCATAATATATGTAATAACTAAAATTAATGCATTTTTCATTATTATAAAATGTATAAGATGTTTAAAGTAAAATAAAAAATAAAAATATGAATAATTTAGTATCTATTTAATTACGGTTCATGATAAATTATCTAATAGGAGTTCATCTTAGATCTTAAAACAAAGTTCAGGATAAATTTACACCCACAAATAATTTAAAAATCATTTGAATTAATTATAGTCAATTGTGTCCAAAAAAACAAATAATTAATCTAACTTTATAATTAGAATTAGAATACAAAATAATAATGTATCCAAAAAAAGAATACAAAAGAATAAAAAAATTAACTAACCCAGATCCATATCATCTCCTTTTGAGGCCCAATTGGAAAATCGACCCATCCCCTTTTTTAAACCTAAATCTATTGTTTCCAGTTTCCACATAATACAATTTATATCATTTCATAATAAAAGATGTAGCATTCCAGAATTCAAGTCTCAAAAGAAACGAAGACAACACCGCAACAGTGAAACAAAGCTTGTGATACGTTCTCTTCATCTACCTCTTTATCTTTTCTCAAAGCATCATCTCTCTCCCTCACTCAAATCCCACTCCCACACAAACACAAGTTTCGAAGATTTGAGGCGTGGTACTGCTAAGTTGAAGATTTGAAGCGTGGAGATTCAGAGACAGAGAGACTATGAGAGGGAGGGGAGGGGGCTAGGGGTTGAGTTGTTTTGTATCTCAAAATTCTAATCTGAAAGTGGAAAGGTGTGTTCCTTTTTGATTTTATTGTAAAAAATGATTCTTTTCTACTTTTTCTGTTGAACGGCGTTTCATCGCGGCTGTTGCGGTCGGAACGGCGTTTCATCGCGGCTGTTGCGGCCGTAACGGCGTTTCGTCTCGTTTTTTACTGTGATTTTCGATCACTCTGTTGTAGCGGCGTGTAACGGAAACGGCAGCCACCGTGACCGTTTTGTCTCGCCCGTTTTTGCTGTCGCGTTCCGTTTTTTGGAACCCTGCCTTCAACATTGACTATATTCCTTCTAATTACATTGCCACTCCAAACAGGTAGATTGCACATTTGATGGTCGATAATTCAACAGCAACATATTGTGAGTATTTCTAAGGCCATGGCATGACCCTTAAGATAATATTATTTGAACGTTTTTAGAGCTTACAAAGGGAATTATATTTATCAAATTCTAGGGGATTAGTGGAGATTTAAACTCAAGAATTTTCAAATACAATTTTTGCCGTGCCGCACTAAGTCAACTCCTTAGAGTTGCTTAAAGTCAGGTGATTCAACAAAAAAATTGTTAATTATAAGGATTCATTTAAACAACTTTAAACTTGAAATCTAATTAAAAAATAGATAAATCTATAGTGACTAATGTATTATTTTCCTCATCCATCCTTGCAAATTTTAAAATTAAAATAAAATAGAATATTCAAAAATAAAAAGTAAGATTTATCAATCCCCACCTTGGGTACGGAGCAGCGTTAAAACTCTGGGCCAGCTGTCCTGTCCCTCGAGACACCTACAATTCAGCGAGGGGATTAGTCACTGCGGTCGGCGGTGGATACCCTGGGTAAAACAAAAAAAAAGTAAGATTTAAAAAATTATATGGATAGTGTAAAAATATATTATTCTATCATTTGCATTTGGGATACATCAAATAACAGTCTTTTTTTTTATAAACTGGGTATCTTCTGCGCGCAATTGCAGAGACTAATTCCTCGAACCAAGTAGGACCACAATGGGCGGCAAAGCTCTCCCTCAAGAGATTTAACACTGCTGCATGCCCGGGACGGAATTCGAACCCAAAACCTACGTTAAGCTGGAAGAGACTCCTATCATCTCATCCAAGTGCTCATGCGTATATGTAAAATGATTTTTTATAAAATGATTTTTTAATATAAAATGATTTTTTAAAAATATTTTTAATGCTTACTATTAATTTAAATATGTAATTTTAAATATATATTTCTCAATTTTAGTTTTTTTTTTGATATTTCCTTATATTTAATATTGCATAATTTTAGTTTAATTAAATGCATTAATGCATTTAATGGAATGAATGAATGTGAACCCATAAATTTTAATTTTCCGGTGTGGGAAATACAGTTCATTTTGTAGTCGTAGTTAGCCGGAATAAGAGGTTTAGTGTAGAGATCCGAATTGAAGAAGTCAGTGACAGTGAGTAGAGACAAACAAGTCATTTGTGAGTCAATTGCGTGTCTTAAAAGACAAGGCTACACTGAGACACGACATCACATGCAATTTCCAAACCCAAGCATAAAATAAAATCTCTGTGCATTGCATTGCATCCAATTCCTAGCCTCAGATCAGATCCGGAAAAATCATTAACCCTCAAACCCCCTTTTTTATACCCAAAAGGTAATTCCTCTTTTCATTGCTGCTACCAGGGACCTTTCATGATGCTATTCAAAATTCAACTTTCCGTGACTTTGAATTGAAGCCTCCGACACTACTGATCATTGTTGTTTTATAGTTTAATTCACTTATTACGTTTTGTAGGGGGTCAGTTTTTTGTTATAAATAAATTATTATTAGCGTTTGGTGGGAAAAGTTTCAATTTTTTTGATTTTATTTCCCTATATAATGCTGCGTTAATCAGATCGTCTGTACAATACAATATTAACTGGGATTAAGGGTTTTGGATTGGTCTTTAATTAGGTTTCAGTGTTTCACTTTCAGGTGTTTGCTTTGTATCCCTTATAGATAGATTCAAAGTTGTCTGATTTTATTTATAATGTATATATGTGATAATTGACTATTTGGAAATTGGTTCAGGAATTGAATTTCCCAGGTTTTGACA

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Protein start	Protein end	E-value
PF16363.8	GDP_Man_Dehyd	36	330	2.30E-56
PF01370.24	Epimerase	35	269	4.40E-46
PF02719.18	Polysacc_synt_2	35	144	5.20E-13
PF07993.15	NAD_binding_4	89	217	6.50E-13
PF01073.22	3Beta_HSD	36	188	1.40E-12
PF04321.20	RmlD_sub_bind	33	289	6.60E-08

Gene family

Gene family	Subfamily
--	--

Gene Ontology

GO term	Description	Category
GO:0048040	UDP-glucuronate decarboxylase activity	Molecular Function
GO:0042732	D-xylose metabolic process	Biological Process
GO:0005737	cytoplasm	Cellular Component
GO:0033320	UDP-D-xylose biosynthetic process	Biological Process
GO:0070403	NAD+ binding	Molecular Function

InterPro

InterPro term	Description
IPR044516	UDP-glucuronic acid decarboxylase
IPR036291	NAD(P)-binding domain superfamily
IPR016040	NAD(P)-binding domain

trEMBL

trEMBL term	Description
A0A151TMH5	_

SwissProt

SwissProt term	Description
UXS5_ARATH	UDP-glucuronic acid decarboxylase 5

KEGG

KO	Description	Enzyme
K08678	UDP-glucuronate decarboxylase	[EC: 4.1.1.35]

Orthologous genes

Species	Gene ID	Annotation
Arabidopsis thaliana	AT2G28760	UDP-XYL synthase 6
Medicago sativa L.	MsG0480020932.01.T01	_
Oryza sativa L.	LOC_Os03g16980.1	NAD dependent epimerase/dehydratase family domain containing protein, expressed
Cucumis sativus L.	Csa017685	_
Glycyrrhiza uralensis Fisch.	Glyur000123s00008441.2	_
Codonopsis lanceolata	Cl_chr06_26170T	_
Arachis hypogaea L.	AH08G12260.1	UDP-glucuronic acid decarboxylase 5 like

Expression pattern